档案纠纷主要包括：劳动者要求用人单位转移档案，而用人单位拒绝、拖延办理转档手续产生的纠纷；因用人单位将劳动者档案损坏或者丢失，劳动者要求用人单位补办档案、赔偿损失产生的纠纷。

依据2006年最高人民法院关于单位丢失档案后被诉于法院是受受理的复函，丢失档案纠纷属于民事纠纷，不属于劳动争议。再依据审理劳动争议解释二的精神，单位迟延或拒绝转档的属于劳动争议案件，根据档案的性质分析，补办档案不属于劳动争议。