一般而言，人民法院审理工程价款结算纠纷案件中，如果当事人明确约定“竣工结算以审计部门评审结果为准”，则应尊重当事人的意思自由，按照约定处理；这并不影响人民法院对审计机构出具报告的合法性、合理性负有审查义务及权力，实践中不宜不经审查就直接予以采纳。如经审查，确有证据证明审计意见（或结论）存在明显不真实、不客观、不合理之处，该审计意见则不应作为认定案涉工程价款结算的依据，人民法院可以准许当事人补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法纠正审计意见存在的缺陷。上述方法不能解决的，应当准许当事人申请对工程造价进行鉴定。


《2015年全国民事审判工作会议纪要》


49.依法有效的建设工程施工合同，双方当事人均应依约履行。除合同另有约定，当事人请求以审计机关作出的审计报告、财政评审机构作出的评审结论作为工程价款结算依据的，一般不予支持。合同约定以审计机关出具的审计意见作为工程价款结算依据的，应当遵循当事人缔约本意，将合同约定的工程价款结算依据确定为真实有效的审计结论。承包人提供证据证明审计机关的审计意见具有不真实、不客观情形，人民法院可以准许当事人补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法纠正审计意见存在的缺陷。上述方法不能解决的，应当准许当事人申请对工程造价进行鉴定。


《最高人民法院关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》


你院“关于建设工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的请示”收悉。经研究认为，审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明确、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。


广东省高级人民法院在2017年8月1日发布的《关于审理建设工程合同纠纷案件疑难问题的解答》第11条规定：


“当事人约定以审核、审计结果作为工程款结算的条件无法成就时如何处理：当事人约定以财政、审计等部门的审核、审计结果作为工程款结算依据的，按照约定处理。如果财政、审计等部门明确表示无法进行审核、审计或者无正当理由长期未出具审核、审计结论，经当事人申请，且符合具备进行司法鉴定条件的，人民法院可以通过司法鉴定方式确定工程价款。”


江苏省高级人民法院在2018年6月26日发布的《关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的解答》第10条规定：


“当事人约定以行政审计、财政评审作为工程款结算依据的如何处理？当事人约定以行政审计、财政评审作为工程款结算依据的，按照约定处理。但行政审计、财政评审部门明确表示无法进行审计或者无正当理由长期未出具审计结论，当事人申请进行司法鉴定的，可以准许。”