简要案情：东方公司（化名）于2015年变更公司章程，增加甲为公司的股东，约定以甲的土地使用权进行出资，并在工商管理部门对乙的股权情况进行登记。两年后，甲仍未将土地使用权进行变更登记，公司股东会认为甲的出资存在重大瑕疵，决议否认甲的股东资格，后双方诉至法院。

法律观点：在有限责任公司中，对股东身份承认的形式是股东名册登记或者公司章程的记载。通过出资成为股东者，出资瑕疵并不必然导致失去股东资格。其他股东可以向其主张违约责任，在合理期限内没有履行出资义务的，可以主张解除合同，进而解除瑕疵出资人的股东身份。

案情分析：在本案中，甲在成为公司股东时的出资存在瑕疵，但是东方公司已经在公司章程中承认其股东身份，代表已经认可甲是公司的股东，因此不能直接因为出资瑕疵而否认其资格。东方公司其他股东可以在合理期限内要求其履行出资义务，如果还是没有履行的话，可以解除合同，再以股东会决议方式解除股东资格。