1、实物封存与检验程序
疑似输液、输血、注射、药物等引起不良后果的，医患双方应当共同对"现场实物"进行封存，封存的"现场实物"由医疗机构保管；需要检验的，应当由双方共同指定依法具有检验资格的检验机构进行检验；双方无法共同指定时，由卫生行政部门指定。
2、病史资料复印和封存程序
医患纠纷发生后，为防止医疗机构伪造、涂改、隐匿病史资料，患方应将《医疗事故处理条例》规定除主观病史以外的客观病史予以复制，由医疗机构加盖病史复印专用章，然后医患双方将全部主、客观病史予以封存，在封条上签名盖章并写明封存日期。建议患方封存后：向医方索要封存证明。
3、尸体解剖程序
当事人不能确定死因或对死因有异议的，当事人应在患者死亡后48小时内向卫生行政主管部门提出尸体解剖申请，拒绝或者拖延尸检，超过规定时间，影响对死因判定的，由拒绝或者拖延的一方承担责任。尸检申请应当经死者近亲属同意并签字。
4、医患双方协商程序
当事人协商解决医疗纠纷赔偿民事责任争议，应当制作协议书。协议书应当载明双方当事人基本情况和医疗纠纷原因、双方当事人协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。如经过医疗纠纷调解委员会等第三方达成调解，也需制作调解书。
5、鉴定程序：
(1)行为能力鉴定程序
对涉及精神疾患或患者处于神志不清的医患纠纷案件，在提起民事诉讼时，律师应协助当事人向法院提起行为能力司法鉴定申请，并提供相关的鉴定材料。
(2)伤残等级鉴定程序
为证明患方实际发生损害结果涉及的经济赔偿范围，根据《民法通则》、《医疗事故处理条例》等规定而向法院申请提起的一种鉴定程序。
(3)营养期限鉴定程序
发生不良反应不论是否构成伤残等级，该不良反应造成患者用于住院期间的医疗伙食或出院后的营养调理而发生的费用，其计算期限必须针对具体的不良后果由鉴定部门作出鉴定。
(4)护理期限鉴定程序
发生不良反应不论是否构成伤残等级，该不良反应造成患者部分或全部丧失生活自理能力而必须依赖生活护理的，其护理期限应当由鉴定部门作出鉴定。
(5)医疗依赖鉴定程序
对医疗过失行为造成患者伤残，为维持或恢复组织、器官生理功能需要继续治疗并已形成护理、药物或其它医疗依赖的，对于医疗依赖的期限及费用，应当由司法鉴定机构通过鉴定和评估确定。
(6)医疗损害鉴定程序：现上面诸多程序都一般合并在医疗损害鉴定程序中进行。