行政机关未在拆迁补偿协议上签名盖章，该协议不一定无效。

现实生活中，很多行政机关为了完成拆迁的政治任务，同时规避自己的责任，往往在与拆迁户达成补偿协议后，自己却不在协议上盖章、签名，待把房子拆除后，又以补偿协议未经其盖章、签名而否定协议效力，这显然不可能得到支持。

根据法律规定，当事人一方已履行主要义务且对方接受的，合同成立。拆迁户已配合完成房屋拆除，行政机关的拆除房屋行为，已构成对协议的实际履行。故此种情况下，该协议成立并生效。