她和丈夫没有结婚证，有两个孩子。现在感情不和谐，如果我们想分开怎么办？

没有自动离婚这一说法
离婚有两种方式，协商不成的，夫妻一方可以起诉离婚
单方面离婚的条件：感情破裂
《婚姻法》第32条规定，如感情确已破裂，调解无效，应准予离婚。因此，法院判决离婚的条件就是：夫妻感情已破裂。根据《婚姻法》第32条规定，夫妻感情确已破裂的情形主要有：
一、重婚或有配偶者与他人同居 ；
二、实施家庭暴力或虐待、遗弃家庭成员的；
三、有赌博、吸毒等恶习屡教不改的；
四、因感情不和分居满二年；
五、其他导致夫妻感情破裂的情形（在司法实践中，其他导致夫妻感情确已破裂的情形主要是指下列情形：
1、一方患有法定禁止结婚的疾病，或一方有生理缺陷及其他原因不能发生性行为、且难以治愈；
2、婚前隐瞒了精神病，婚后经治不愈，或者婚前知道对方有精神病而与其结婚，或一方在夫妻共同生活期间患精神病，久治不愈；
3、婚前缺乏了解，草率结婚，婚后未建立夫妻感情，难以共同生活的；
4、一方欺骗对方，或者在结婚登记时弄虚作假，骗取《结婚证》的；
5、双方办理结婚登记后，未同居生活，无和好可能；
6、包办、买卖婚姻卖婚后一方随即提出离婚出或者虽然共同生活多年，但确未建立起夫妻感情的；
7、一方与他人通奸，经教育仍无悔改表现，无过错一方起诉离婚，或者过错方起诉离婚，对方不同意离婚，经批评教育、处分，或者在人民法院判决不准离婚，过错方又起诉离婚，确无和好可能的；
8、一方被依法判处长期徒刑，或者违法，犯罪行为严重伤害夫妻感情的；
9、一方下落不明满两年，对方起诉离婚，经公告查找确无下落的；
10、其他原因导致夫妻感情确已破裂的情形。

夫妻一方在领结婚证前通过按揭贷款购房，取得了房产证，婚后夫妻共同还贷的房屋，离婚后房屋的分割：
虽然房屋是一方婚前购得，但婚后房屋增值部分以及共同偿还贷款的部分，除夫妻双方另有约定外，应当视为共同财产。需要说明的是，共同还贷部分，不论是由一方用个人工资还贷，还是用双方工资还贷，均应认定为夫妻共有财产。
当然，如果一方确能证实，其还贷资金来源于个人婚前财产，那么该部分不应认定为夫妻共有财产。

根据《最高人民法院关于人民法院审理未办结婚登记而以夫妻名义同居生活案件的若干意见》确定：对于男女双方非法同居期间所生子女由哪一方抚养的问题，最好由双方协商解决。在无法协商或者协商不成的情况下，可以到法院起诉，法院会根据子女的利益及双方的具体情况予以判决。
哺乳期内的子女，原则上由女方抚养；如果父方条件较好，母方也同意的，也可以交由父方抚养。当子女为10周岁以上不满18周岁的的限制民事行为能力人时，由哪一方抚养，应征求子女本人的意见。
同时可以参考《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》如下规定确定：
1、两周岁以下的子女，一般随母方生活。母方有下列情形之一的，可随父方生活：
（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；
（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；
（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。