商品房已经备案，补充协议已经变更，会影响备案的法律效力和房产证的办理吗？

商品房买卖合同备案办理流程如下：
房地产开发企业,需要自联机签约之日起30日内,向市或者区、县房屋行政管理部门申请预售登记
1、在网上打印的商品房预售合同一式四份(而且双方当事人已签字或盖章);
2、网上打印的商品房预售合同签约证明和预售登记申请书;
3、需要房地产开发企业的营业执照复印件、法定代表人(也可以是负责人身份证明书复印件、授权委托书原件各一份;
4、国有土地使用权证原件及复印件各一份;
买受人身份证明复印件
包括:
(1)买受人为自然人的,提交身份证件的复印件;买受人为外省市自然人的,还需提交《暂住证》或《工作居住证》的复印件;
(2)买受人为法人或其他组织的,提交经年检的企业法人营业执照或事业单位法人证书、或批准该法人、其他组织成立的文件、法定代表人或负责人身份证明;

商品房是指在市场经济条件下，具有经营资格的房地产开发公司(包括外商投资企业)通过出让方式取得土地使用权后经营的房屋，均按市场价出售。那么，商品房的房产证到底由谁办，　　商品房的房产证到底由谁办，具体操作流程如下：　　
一、买房人是申办法定义务人　　《城市房地产开发经营管理条例》第三十三条规定：“预售商品房的购买人应当自商品房交付使用之日起90日内，办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续;现售商品房的购买人应当自销售合同签订之日起90日内，办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续。”根据该条例的规定，《城市房屋权属登记管理办法》和《城市商品房预售管理办法》均相应规定房屋权属登记由权利人(承购人)提出申请。因此，房屋买受人是申请办理房屋所有权证的法定义务人。当然，如果房屋买受人与开发商(出卖人)在购房合同中明确约定由开发商代为办理产权证，则开发商负有代为申请办理产权证的义务，开发商不履行该项办证义务时，依法应当承担违约责任。　　
二、　开发商有协助义务　　由于办理房屋产权证所需要的许多有关的证明文件均需要开发商提供，而且如果开发商欠缺该类文件没能办理初始登记的话，买受人的房屋产权证根本无法办理，因此，《城市房地产开发经营管理条例》还规定了“房地产开发企业应当协助商品房购买人办理土地使用权变更和房屋所有权登记手续，并提供必要的证明文件。”从而明确了开发商对买受人申请办理产权证负有的协助义务。《商品房销售管理办法》第三十四条进一步明确了该项协助义务，规定房地产开发企业“应当在商品房交付使用前按项目委托具有房产测绘资格的单位实施测绘，测绘结果报房地产行政主管部门审核后用于房屋权属登记”，并且“应当在商品房交付使用之日起60日内，将需要由其提供的办理房屋权属登记的资料报送房屋所在地房地产行政主管部门。”该办法还规定了开发商不履行该义务时应承担的接受警告、罚款和责令限期改正的行政责任。

购房时签订购房合同补充协议要注意 　　在商品房买卖过程中，开发商除和购房人根据《示范文本》所订立的商品房买卖合同外，还要求购房人签订一份补充协议。 　　注意： 　　所谓补充协议，是指买卖双方根据意思自治原则对正式契约中不适合当事人实际情况的条款进行变更、修改、补充、完善而订立的协议。
按照新合同法的有关规定是否签订及如何签订补充契约完全应由当事人自主决定，任何一方不得将自己的意志强加给对方当事人。这也就是通常所说的契约自由原则，也是购房者的基本权利。
　　该补充协议的内容很多，由开发商的专业律师事先拟订好。这种补充协议常包含许多对购房人不利的条款，如交房时间的确定、不可抗力条款的解释、共有面积的确定分摊、关于基础设施和公共配套建筑的开发利用等方面，甚至包含许多针对开发商的免责条款。