公司实际工作天数是25天，但是每次做工资如果你请假每天都按照总工资除以21.75来扣一天工资，造成多扣，但是公司说这就是他的规定，你爱接受不接受，反正给你发了工资了，请问可以申请仲裁吗

不合法；如果被扣款，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

单位应当将工资直接支付给劳动者本人。劳动者本人因故不能领取工资时，可以委托他人代领，但应当出具委托书。
用人单位委托银行代发工资的，应当在约定的工资支付日将劳动者的工资足额存入其本人账户。用人单位应当按照约定的日期支付劳动者工资;遇法定休假日或者休息日，应当提前在最近的工作日支付。

具体情况具体分析，例如，申请劳动仲裁，应如何举证？
1、举证责任分配。当事人对自己提出的主张有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。因用人单位作出解除劳动合同、支付劳动报酬、计算劳动者工作年限等决定而发生劳动争议，由用人单位负举证责任。
2、举证不能的后果。当事人对自己提出的仲裁请求所依据的事实或者反驳对方仲裁请求所依据的事实有责任提供证据加以证明。没有证据或者证据不足以证明当事人的事实主张的，由负有举证责任的当事人承担不利后果。
3、举证期限。当事人举证应当在案件第一次开庭庭审辩论前或仲裁庭指定的期限内完成，在此期限内不提交的，视为放弃举证权利。对于当事人逾期提交证据材料的，不予组织质证，但对方当事人同意质证的除外。申请人增加、变更仲裁请求，应当在第一次开庭庭审辩论前提出，被申请人提出反申请应在答辩期间内提出，对此重新指定举证期限；申请人在第一次开庭庭审辩论后增加、变更仲裁请求的，被申请人在答辩期满后提出反申请的，应当另行提出，另案处理。
4、证据形式。当事人提供证据，应当提供原件或原物。当事人应对其提交的证据材料逐一分类编号，并对证据材料的来源、证明对象和内容作简要说明，签名盖章，注明提交日期，并依照对方当事人人数提交副本。提供外文书证或外文说明资料的，应当附有中文译本。证人应当出庭作证，接受仲裁庭和当事人的询问，证人不得旁听仲裁庭审理。庭审结束后，当事人应提供证据的复印件交仲裁庭存档。
劳动仲裁是解决劳动争议的一项有效的手段，需要注意的是，申请劳动仲裁时需要注意一年的诉讼时效，超过诉讼时效则失去了胜诉权，在仲裁过程中，需要劳动者进行举证，举证也有期限的限制，要在举证期限届满前提供补充好相关证据材料。