本人因厂内空气问题经常嗓子疼，在4月25号申请辞职.6月1号办理离职手续，5月出勤26天每天上12个小时工资现在到账才2090元，扣社保1100元，扣5月和6月的社保，厂里不发工资条。扣两个月的社保，这样合法吗？

不应该扣6月份的社保，建议和单位协商或者劳动监察大队举报投诉。

按规定来说，一般提交离职申请书要提前一个月，为的是接下来的交接工作的顺利完成。
你提交离职申请书的日子开始，到你正式办理离职手续期间，只要是你正常工作打卡，都是有工资算的。
假如你1号提出申请，10号正式辞职，这个期间是给你发工资的。你不用担心。只要你正常工作，正规的公司都会发的。

《劳动合同法》
第三十六条　用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
第三十七条　劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
第三十八条　用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：
(一)未按照劳动合同约定提供劳动保护或者劳动条件的；
(二)未及时足额支付劳动报酬的；
(三)未依法为劳动者缴纳社会保险费的；
(四)用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的；
(五)因本法第二十六条第一款规定的情形致使劳动合同无效的；
(六)法律、行政法规规定劳动者可以解除劳动合同的其他情形。
用人单位以暴力、威胁或者非法限制人身自由的手段强迫劳动者劳动的，或者用人单位违章指挥、强令冒险作业危及劳动者人身安全的，劳动者可以立即解除劳动合同，不需事先告知用人单位。
第四十六条　有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：
(一)劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；
第四十七条　经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
第九十条　劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
劳动部
《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》
劳部发〔1996〕354号
18．职工解除劳动合同，应当严格按照《劳动法》的规定，提前三十日以书面形式向用人单位提出。职工自动离职属于违法解除劳动合同，应当按照《违反〈劳动法〉有关劳动合同规定的赔偿办法》承担赔偿责任。