我现在和一个公司签了三方协议，已经干了四个月然后现在不干了，他扣我两个月工资，不要我违约金，违约金5000，这样合理吗？

你好，这个是不合法的，员工离职不能扣工资 

法定违约金与约定违约金数额的确定和适用：
一、法定违约金 合同对违约金作了原则性规定，且有关条例规定了违约金比例，适用法定违约金。在此情况下，由于合同的内容、违约的性质、程度的不同，确定违约金的方法与数额也有所不同。第一，有关条例明确规定了违约金比例的，即可以按照该比例直接计算出违约金的数额。第二，有关法规只规定了违约金一定比例范围。这需要通过受理案件的人民法院或合同仲裁机关确定一定的比率，才能计算出违约金的数额。一般来讲，不履行或不完全履行合同的法定违约金为一定的比例范围。
二、约定违约金 由于约定违约金的比例法律无明文规定，因此在实践处理中也不一致。有的认为约定违约金的数额不能超过法定违约金，超过的就是无效，但实际中也常常遇到约定违约金过高的问题。究竟应如何确定约定违约金的比例或数额？下面从几个方面谈谈笔者看法。约定违约金的最高限额为违约部分的货款或酬金的总额，这里既包括不履行或不完全履行合同的违约金，也包括延期履行合同的各种违约金。从法律上讲，《民法通则》第122条第2项规定，当事人可以在合同中约定，一方违反合同时，向另一方支付一定数额的违约金。该法条对约定违约金的数额未作限制，允许当事人用约定违约金来弥补某些法定违约金过低的缺陷。法律规定当事人通过协商，在法定违约金之上议定约定违约金是完全必要的。通过较高的约定违约金可以起到预防违约的积极作用。但这样的约定也不是无限制的，根据《民法通则》的公平原则和诚实信用原则，以及司法实践中的惯例，将约定违约金的数额限制在违约部分的货款总额或酬金总额之下较为适宜。但如果有关条例对违约金数额有特别规定的，应按特别规定办。

签三方协议需要注意的项目：要看填写的用人单位名称是否与单位的有效印鉴名称一致，如不一致，协议无效；填写自己的专业名称时，要与学校教务处的专业名称一致，不能简写。如果你非常想去这家单位的话，就在个人意见栏填写“同意到xxx单位工作” 。
外企、合资企业、私企一般采用试用期，根据合同期的长度，可以从1-3个月不等，通常试用期为3个月，不得超过6个月。国家机关、高校、研究所一般采用见习期，通常为一年。有些单位为了留住学生，以高额违约金约束学生。学生在协商中要力争取消违约金这一条规定。或者尽量降低，通常违约金不得超过5000元。