一员工为公司服务两年，现个人申请离职，公司同意后办理了交接手续，并要求员工手写一份离职申请，离职申请上需注明“与该公司协商无争议离职”后才可以为该员工办理离职手续调转保险关系，但该员工并未与公司在员工的加班费、保险、公积金等公司不合理制度及相关问题达成一致或协调后离职。请问如书写上述离职申后，像这样的情况还可以向劳动局申请仲裁吗？

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