公司作为被执行人，但公司没有财产可供执行，这种情况下，申请执行人该如何寻求自身利益的保护。该问题可以从以下几方面入手谋求解决：

一、追加现股东为被执行人

当取得胜诉判决并向法院申请执行后，如果法院未查到公司存在相关财产可以履行判决时，此时可以考虑追加公司股东作为被执行人。追加被执行人是有条件的，根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第十七条、第十八条的规定，只可以追加未缴纳或未足额缴纳出资的股东、出资人，抽逃出资的股东、出资人为被执行人。

二、追加原股东为被执行人

债权人也可以考虑追加原股东为被执行人，根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第十九条的规定，可以追加未履行出资义务即转让股权的股东为被执行人。

三、公司未经清算被注销，追加清算义务人为被执行人

根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十一条的规定，公司未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，申请执行人申请变更、追加有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东为被执行人。

四、追加股东、出资人或主管部门为被执行人。

公司被注销或出现被吊销营业执照、被撤销、被责令关闭、歇业等解散事由后，其股东、出资人或主管部门无偿接受其财产，致使该被执行人无遗留财产或遗留财产不足以清偿债务，申请执行人可以申请变更、追加该股东、出资人或主管部门为被执行人。

五、追加第三人为被执行人

根据《最高人民法院关于民事执行中变更、追加当事人若干问题的规定》第二十三条的规定，未经依法清算即办理注销登记，在登记机关办理注销登记时，第三人书面承诺对被执行人的债务承担清偿责任，申请执行人申请变更、追加该第三人为被执行人。