何谓股东出资瑕疵。

是指公司设立或增资过程中，股东认缴的股金没按时足额出资到账，或者到公司账户后把股金转出不用于公司经营，或者承诺出资的财产价值不足，或者承诺出资的财产已交付给公司但未办理过户手续，或者承诺出资的财产办理了过户手续但未交付公司使用，或者以无权处分的财产出资，或者以赃款赃物出资，或者通过受让股份而成为股东但未支付对价等等方面存在不完全符合法律或公司章程规定的行为。
股东瑕疵出资能否认其股东资格吗？

有限公司是一种具备人合性质的组织机构，公司对某一成员股东身份的承认意味着所有其他股东作为一个整体对该成员股东资格的认可，公司对股东身份承认的形式是股东名册登记或者公司章程的记载，这些文件可以证明股东资格，此外，瑕疵出资的股东可以在合理期限内履行出资义务，所以股东出资瑕疵不能否认其股东资格。
股东瑕疵出资后果。
1、其他股东或者转让股份的原始股东作为权利人可以向其主张违约责任；另外，经公司催告缴纳或者返还出资，其在合理期限内仍不履行出资义务的，根据《公司法司法解释三》第十七条规定，公司可以以股东会决议解除该股东的股东资格。
2、对于出资瑕疵的股东，根据《公司法司法解释三》第十六条规定，公司可以根据公司章程或者股东会决议对其利润分配请求权、新股优先认购权、剩余财产分配请求权等股东权利作出相应的合理限制。注意的是，限制的范围并不包括表决权、知情权等共益性股东权利。