与著作权保护相比，商业秘密保护的对象，只能是处于秘密状态下的信息。著作权法保护的是作品，尽管大部分作品通过公开使用产生收益，但作品自完成之日起就受到保护，故秘密状态下的作品与公开发表后的作品，在我国同样享有著作权。

商业秘密包括技术秘密和经营秘密。著作权法保护的作品中，工程设计、产品设计图纸及其说明地图、示意图等图形作品，计算机软件以及电影、电视、录像作品如果未被公知，同时可作为商业秘密受到保护；至于其他文字作品、口述作品，音乐、戏剧、曲艺、舞蹈作品，美术、摄影作品在未被公知之前能否作为商业秘密保护，要看其是否与竞争有关并维系经济利益。

著作权法保护的是作品，商业秘密保护的是信息，而信息不一定以作品形式出现，因而在这一点上，商业秘密保护范围宽于著作权法。

著作权保护，不及于作品的构思、思想，而商业秘密同时可保护作品的形式和内容。例如，记载着商业秘密的文字、图形、音像作品被违反权利人的意志而公开、发行，构成侵犯商业秘密权；按照文字、图形、音像的教导去实施技术、经营秘密，亦构成侵权。著作权只保护作品的表现形式，但实施其中介绍的技术、经营秘密，不构成侵犯著作权。

商业秘密自产生起，就受到法律保护，而作品是自完成之日起受到法律保护。

商业秘密的“寿命”可长可短，而作品的保护期限是固定的，例如，公民发表的作品，其发表权和著作权中的财产权保护期为作者终生及去世后50年。

商业秘密保护不禁止合法“抄袭”，即合法的反向工程。利用反向工程生产出相同产品，实质上也是一种抄袭。作品的保护要求原创性，即作品由作者本人创作完成，不能抄袭他人作品。

尽管商业秘密权与著作权保护有本质不同，但两者存在着很大的相同之处：对于不同权利人独立完成的商业秘密、作品，即使完全相同，也依然给予保护；保护不需行政审批，对权利人主张权利极为有利。