专利权是垄断权、独占权，专利技术公开后，专利权人依靠法律制止侵权行为，行使的是绝对权利。商业秘密权是相对权利，其禁止效力仅及于违法侵占，不及于合法的取得手段。这个弱点至关重要，专利权人起诉他人侵犯专利权，只要证明技术内容相同，被告就要承担侵权责任，而无论被告是否自行开发。被告即使正当获得技术信息，也必须承担侵权责任。在商业秘密诉讼中，被告只要证明不存在违反约定使用商业秘密的情形，不存在对商业秘密的不正当获取，一般不承担任何责任。

保守商业秘密主要依靠事实行为，即尽可能严密的保密措施和尽可能小的传播范围。法律手段对于已经公开的商业秘密没有“回收”效力，因而商业秘密一旦公开、扩散，权利人受到的损失就无可挽回。

专利的保护期是固定的，而商业秘密的“寿命”可能很短，如果同行业开发竞争激烈，甚至仅由于保密措施不当或被他人偶然发现，都会使商业秘密逐渐或突然失去秘密性，进入公有领域。

在侵权诉讼中，商业秘密权人的证明责任大于专利权人，其不但要证明侵权行为的存在，还要证明商业秘密权的存在。

专利申请公开后，可以吸引专利许可的受让方，转让根据公开专利文献进行。商业秘密不能以内容公开招揽受让方，转让时，转让方怕谈判不成，不敢将秘密和盘托出，受让方不了解内容，不敢贸然接受，双方都存在着不便。