商业秘密权与专利权相比，是两种不同的保护手段，商业秘密保护有其独特之处。

(1)产生方式不同。商业秘密权的取得，基于权利人的合法劳动或其他正当手段，“自然”取得，无须任何部门审批。专利权的批准则必须由专利局进行审查后决定。

(2)在获得权利时，是否公开的要求不同。申请专利必须将技术内容充分公开，但专利技术公开后容易招来他人模仿，有的企业只有在以下情况下才申请专利，即：技术无法保密的；非主流技术申请专利，可引起竞争对手错觉的。企业在以下情况下，更愿意进行商业秘密保护，即：技术本身决定了其模仿不易被发现，也就是说不容易发现侵权的；发现后不容易制止侵权的；虽然发现、制止侵权均比较容易，但是权利人没有足够的精力去做的。

(3)在其他地域受到的保护不同。专利申请人无法向世界所有国家申请专利保护。申请专利将技术公开后，对同一技术方案会导致其在未取得专利权的国家丧失一切保护。相反，只要其技术未被公知，商业秘密权利人在一个国家受到的保护，不影响同样保护商业秘密的其他国家对该技术的保护。

(4)覆盖的总体范围不同。商业秘密包括技术秘密和经营秘密，而专利权覆盖的仅限于技术秘密中的一部分内容，即符合发明、实用新型、外观设计专利保护要求的内容，在此要求之外的技术秘密则不予保护。商业秘密还可对未完成的技术方案提供保护。

(5)保护门槛不同。商业秘密保护门槛低，而专利保护门槛高。专利法规定了创造性标准，创造性水平从理论上说是比较高的，不存在规定标准以下的专利。我国《反不正当竞争法》对商业秘密只有秘密性要求，商业秘密的不容易获得性水平参差不齐。因此，商业秘密保护的门槛比较低，适用面更广。

(6)“寿命”不同。专利有期限，维持专利有效需要缴年费，且专利年费逐年递增。因此，经济效益不太好的发明不适于申请专利。一些大公司的技术需要在很多国家同时得到保护，基于费用的原因，总有一部分技术不会申请专利，而以商业秘密形式进行保护。商业秘密的“寿命”可能很长，也可能很短，可口可乐配方就是“寿命”很长的典型。