原告深圳航X有限责任公司。
法定代表人蔡某江，董事长。
委托代理人王某，公司员工。
委托代理人闫某，公司员工。
被告河南金X福投资有限公司。
法定代表人李某武，经理。
委托代理人王某岭，河南X港律师事务所律师。
上列原告与被告运输合同纠纷一案，本院公开开庭进行了审理，双方当事人的委托代理人到庭参加了诉讼，本案现已审理终结。
原告诉称：原告与被告于2006年10月30日签订《郑州=北京包机运输合同》(合同期限2006年11月20日一2007年11月19日)，合同约定原告就郑州-北京航线以每班(往返，机型737-800)12万元的价格承包给被告经营，并约定被告应向原告支付包机押金100万元。2006年11月15日，原告收到被告支付的包机押金70万元，余下30万元被告未支付。2006年11月 至 2007年1月航班执行期间，由于市场淡季影响，航班运营不理想，被告拖欠原告包机款项977281元。2007年5月19日，原告与被告签订《郑州=北京航线合作协议》(合同期限2007年5月20日 -2008年10月20日)，合同约定原告与被告就郑州一北京航线按照保底分成方式进行合作，被告分成所得利润优先偿还前期拖欠的包机款项977281元，双方定于2007年10月15日一次性结清被告前期拖欠的包机款项，并约定终止执行双方于2006年10月30日签订的《郑州=北京包机运输合同》。在2007年5月20日至2007年7月31日航班执行期间，由于航班销售不佳，航班收益一直未达到保底分成条件，没有利润分成，被告拖欠的包机款项977281元一直未能冲减。第二期航班停止执行后，被告向原告申请退回前期包机押金。原告为维护双方的友好合作关系，决定退还被告前期包机押金35万元。至此，被告拖欠原告包机款项977281元，抵扣剩下的35万元包机押金后，实际拖欠包机款项627281元，原告经多次催收未果。诉讼请求：1、判令被告向原告支付包机欠款627281元；2、判令被告承担逾期付款利息183780.27元(自2007年10月15日起暂时计算至2012年4月30日)；3、本案诉讼费由被告承担。
被告辩称：1、被告并不欠原告任何款项，原告主张被告拖欠其款项的事实不能成立。原告在起诉状中称终止执行双方签订的协议，但第二份协议约定是第一份失效才签订第二份协议，第二份协议约定保底分成，即亏损由原告承担，被告不承担。2、如被告欠原告的款项，原告的起诉也已超过法律规定的诉讼时效，法院应依法驳回原告的诉讼请求。
本院经审理查明：原告与被告于2006年1O月30日签订《郑州=北京包机运输合同》，合同期限为2006年11月20日一2007年11月19日，约定原告就郑州-北京航线以每班(往返)12万元的价格承包给被告经营。2007年5月19日，原告与被告签订《郑州=北京航线合作协议》，合同期限为2007年5月20 -2008年10月20日，约定原告与被告合作经营郑州一北京航线，利润分成为各占50%，亏损部分由承运人承担，同时约定2006年1O月30日签订的《郑州=北京包机运输合同》失效。协议还明确被告尚有包机款未结清，双方定于2007年10月15日一次结清2007年5月30日至2007年9月30期间的经营利润和之前被告欠原告的包机款。
以上事实有《郑州=北京包机运输合同》、《郑州=北京航线合作协议》及庭审笔录证明。
本院认为，双方当事人系运输合同关系，双方当事人在《郑州=北京航线合作协议》明确约定，包机款定于2007年10月15日一次结清，原告未提交证据证明2007年10月15日之后曾向被告主张过权利，被告也否认原告曾向自己主张权利，故原告的诉讼请求已超过法律规定的两年的诉讼时效，原告的诉讼请求本院不予支持。依据《中华人民共和国民法通则》第一百三十五条之规定，判决如下：
驳回原告深圳航X有限责任公司的诉讼请求。
案件受理费11971元由原告深圳航X有限责任公司承担。