本院认为，根据商标法第三十条的规定，申请注册的商标，凡不符合本法有关规定或者同他人在同一种商品或者类似商品上已经注册的或者初步审定的商标相同或者近似的，由商标局驳回申请，不予公告。

本案中，根据已查明的事实，引证商标五已被撤销并公告，不再构成诉争商标注册申请的在先权利障碍，国家知识产权局应根据该新发生的事实变更情况，重新作出决定。鉴于上述事实变更情况发生于被诉决定作出之后，诉讼费用仍由中科某公司承担。

综上所述，基于新发生的事实变更情况，中科某公司的上诉请求成立，本院予以支持。