农村有自建房，有房产证，在上海再买房需要交税吗，算第二套吗

《中华人民共和国个人所得税法》对个人所得税的规定属于管理性强制性规范，并不属于效力性强制规范，只有违反效力性强制规范的法律、法规，才涉及到合同无效的问题。在二手房买卖中，买方不用交个人所得税，卖方则可能要交个人所得税，但如果满足免税条件的就可以不用交，具体由谁承担要看购房合同的约定，如果约定了由买方承担房屋交易过程中的所有税费的话，就必须由买方承担。
具体到本案，涉案协议条款中“净”应理解为纯粹之意，“净拿”应理解为最终纯得之意，结合双方协议中约定的“甲方净拿104万”以及当前房屋买卖交易习惯，应理解为由李女士承担交易中产生的契税、个人所得税等费用，卖房人最终纯得104万元。
因此，双方因个人所得税由谁负担产生争议导致合同未能履行，主要原因在于买房人，应由其承担违约责任。

房产交易要交印花税、营业税、个人所得税和契税。具体税费如下：
一、卖房人应缴纳税费
印花税：房款的
0.05％；
营业税：全额的
5.5％（房产证未满5年的）；
个人所得税：房产交易盈利部分的20％或者房款的1％（房产证满5年并且是唯一住房的可以免除）。
二、买房人应缴纳税费
契税：房款的
1.5％（面积在144平米以上的需要缴纳3％，面积在90平米以下并且是首套房的可以缴纳1％）；
印花税：房款的
0.05％。

1、申请房屋登记需要提交的相关资料：　　办理初始登记时，村民自建房屋必须提交宅基地使用证，农村集体组织建设的房屋必须提供集体土地使用证、建设工程规划许可证或乡村建设规划许可证，对于村民自建三层(含三层)不要求提交工程竣工验收证明，对于村民组织建设的房屋则要求必须提供工程竣工验收证明。由于历史原因未进行工程竣工验收的，在经过鉴定证明房屋符合安全使用条件的方可予以办理。　　为避免给违法购买农村宅基地的城市居民建设的房屋办证，《暂行办法》明确要求申请房屋初始登记时，必须提供申请人属于房屋所在地农村集体经济组织的证明。　　村民组织建设的房屋，则必须提供经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意进行登记的证明材料。涉及到房屋转让的，明确要求村民或农村集体经济组织转让房屋需经村民组织同意。为了使农民房屋进行抵押获取的资金真正用地农业生产建设、减少房屋处置数量，我们要求农民房屋抵押只能为本家庭成员担保，在处分抵押房屋时只能面向本集体组织成员。　　
2、登记公告事项：　　鉴于农村集体土地上建成的房屋多年来一直未进行登记，许多房屋的建设手续也不十分完善。因此，在登记前必须在村民组织内对申请登记事项进行公告以征询异议，公告时限为30天，只有经公告无异议或异议不成立的，方可予以登记。　　公民、法人和其他社会组织取得房屋所有权或者房屋他项权后，必须向房屋所在地的房屋登记机关进行登记，取得房屋产权证书。登记是很重要的一个环节，无论房屋权属取得方式是原始取得还是继受取得，都以房屋为要式法律行为，确认房屋权属归属。所以您千万不要忽视登记程序。在我国农村房产登记比较特殊，因为涉及到农村宅基地、农村集体土地等相关因素，所以登记上准备的材料有严格的规定，如果您对准备的相关材料不是很清楚时，一定要问清楚，因为这关系到您自身的合法权益