当事人在向我借款时在抵押协议上写到：房产实际拥有权是他的，借过款之后，迟迟不还款，但在法庭上否认该房产是他的，我该怎么办？

可以向法院申请强制执行。
一、申请执行期限，申请执行人申请执行立案须在法定期限内提出申请。申请执行的期限为二年，从法律文书规定履行期限的最后一日开始计算。
二、执行立案条件，如果您向人民法院申请执行，应当符合以下条件：第一，申请应当向作出一审裁判的法院提出。我国法律规定，无论案件经过了几级审判，强制执行都由作出一审裁判的法院管辖。

关于抵押协议如何书写分很多种，举个例子：个人借款抵押担保合同范本：甲方(出借人、抵押权人)：　　身份证号码、住址：　　乙方：(借款人)：　　身份证号码、住址：　　丙方：(抵押人)：　　身份证号码、住址：　　(抵押人)：　　身份证号码、住址：　　本合同各方根据法律、法规，在平等自愿的基础上，为明确责任，恪守信用，经协商一致签订本合同，并保证共同遵守。　　借款条款借款金额：甲方同意借款给乙方人民币 万元整。
(小写： 元)　　借款用途：用于经营投资。　　借款利率：月利率按照 分计算。　　借款期限： 个月，自 年 月 日到 年 月 日止。如实际借款数额和实际放款日与该借款合同不符，以实际借款数额和日期为准。
乙方收到借款后应当出具借条，乙方出具的借据为本合同的附件，与本合同具有同等法律效力。　　借款的归还：利息和本金到期日一并归还，借款结清后，甲方归还乙方先前出具的借据。
如推迟还款，乙方应当按日支付违约金千分之五。　　本合同的有效期内，发生下列事项的之一的，甲方有权宣布本合同下的借款提前到期，要求借款人在规定期限内偿还本金及利息而无需为正当行使上述权利所引起的任何损失负责。
　　乙方违反本合同借款条款中的任何条款。　　根据担保条款的约定，因抵押人、抵押物发生变故或者抵押人违法担保条款的约定，致使抵押人需要提前履行义务的。　　乙方发生其他可能影响归还甲方借款本息的行为。
　　本合同的相关费用(包括抵押登记、公证等)均由乙方负责。　　抵押条款现抵押人同意以其所有的房屋的价值为抵押，为本《借款合同》下的借款做担保。抵押物基本情况详见所附房屋所有权证、国有土地所有权证复印件。
　　抵押担保范围为本《借款合同》下的借款本金、利息、违约金及实现债权的其他费用。(包括但不限于法院诉讼费、律师费等)　　抵押期限自抵押登记之日到主债务履行完毕止。
　　抵押期间，未经过抵押权人书面同意，抵押人不得变卖、赠与或其他方式处分抵押物。　　本合同中借款条款如因某种原因致使部分或全部无效，不影响抵押条款的效力，抵押人仍应当按照约定承担责任。
　　其他条款本合同自甲方、乙方、丙方签字后生效，本合同的抵押条款在办妥抵押登记后生效。　　如借款人违法本一式四份，具有同等效力。抵押权人执2份，借款、抵押人各执一份。
　　如本合同发生争执或纠纷，各方同意向 人民法院提起诉讼。　　甲方：　　乙方：　　丙方：　　合同签订日期： 年 月 日

签订好借款合同 办理抵押登记 合法有效。
中华人民共和国物权法
第一百七十九条 为担保债务的履行，债务人或者第三人不转移财产的占有，将该财产抵押给债权人的，债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现抵押权的情形，债权人有权就该财产优先受偿。
　　前款规定的债务人或者第三人为抵押人，债权人为抵押权人，提供担保的财产为抵押财产。
关于人民法院审理借贷案件的若干意见
　
六、民间借贷的利率可以适当高于银行的利率，各地人民法院可根据本地区的实际情况具体掌握，但最高不得超过银行同类贷款利率的四倍（包含利率本数）。超出此限度的，超出部分的利息不予保护。
　　
七、出借人不得将利息计入本金谋取高利。审理中发现债权人将利息计入本金计算复利的，其利率超出第六条规定的限度时，超出部分的利息不予保护。
　　
八、借贷双方对有无约定利率发生争议，又不能证明的，可参照银行同类贷款利率计息。
　　借贷双方对约定的利率发生争议，又不能证明的，可参照本意见第6条规定计息。