我想知道如果公司承受国有土地使用权，当地政府给予照顾，减免了一部分土地出让金，请问应当如何缴纳契税？

土地出让金是国家以土地所有者身份将土地使用权在一定年限内让与土地使用者时所收取的土地权益，以划拨方式获取的土地使用权发生转让、抵押等市场行为必须补办出让手续，交纳出让金，方可办理土地登记，其出让金数额计算方法如下：
一、有实际成交价的，且不低于所在级别基准地价平均标准的按成交价不低于40%的标准计算出让金，若成交价低于基准地价平均标准的，则依照标准地价平均标准的40%计算。
二、发生转让的划拨土地使用权补办出让时，按基准地价平均标准的40%计算。

三、通过以上方式计算的土地出让金数额，土地使用权受让人有异议的，由受让人委托有资质的土地估价机构进行评估，按评估价的40%计算土地出让金。
四、划拨土地使用权成本价格占土地价格的最高比例不得高于60%，在以划拨土地使用权价格计算出让金时，必须将成本价格换算成市场土地价格，再按不低于40%的标准计算土地出让金。

常见的土地纠纷有以下几种：
一、因土地出让合同的效力引发的纠纷。
1、土地使用权出让合同出让主体不符合法律规定而无效，2005年8月1日以后仍以各类开发区管理委员会的名义签订国有土地使用权出让合同的，应当认定为无效；
2、经市、县人民政府同意以协议方式出让的土地使用权，土地使用权出让金低于订立合同时当地政府确定的最低价的，则该价格条款可能被认定为无效；
3、未办妥土地征用或农转用手续的集体土地非法出让，其土地使用权出让合同，会因为出让标的不符合法律规定而被认定为无效

二、因土地使用权出让方式选择引发的纠纷。
2002年7月1日之后，国土资源部规定的必须按招标、挂牌、拍卖的方式出让土地的，而仍然采用协议的方式出让的，任何潜在的用地者都可以提出异议，可以向法院提出行政诉讼。
　
三、因不公平竞买行为引发的纠纷。

土地使用权转让的条件　　
一、对附加土地使用权转让条件的质疑根据法理，财产权一经合法取得，只要不损害他人利益或公共利益，权利人尽可自由处分，不受阻碍，因为处分权本身就是财产权的一部分。具体到土地使用权，权利人取得土地使用权后，可以自己开发利用该土地，也可以转让该土地给他人使用，何须人为以投资或开发进度为条件设置障碍?对于成片开发的土地，因出让的目的在于使成片土地获得初步开发、使生地变成熟地、为引进项目和作进一步开发提供条件，故要求成片土地在适度开发以形成工业用地或其它建设用地条件后方可转让，似可理解。但对于宗地而言，用于房屋建设工程的出让合同已经载明其开发用途和开发期限等，无论如何转让，出让合同的约束仍对用地人有效，为什么一定要投资25%以上才能转让呢?限制土地炒卖可能是设置转让条件的主要动因，但现在看来显然是下错了药。因为炒地之风盛行不是源于土地开发的程度问题，而是源于一级市场的管理问题，是一级市场与二级市场存在过大的升值空间的问题。实践证明，在已经将拍卖作为主要出让方式的地区，由于土地使用权在一级市场的价格与在二级市场的价格基本相当，土地炒卖因无暴利可图而得到有效抑制，所以打击土地炒卖的当务之急是限制协议出让，推广拍卖出让，而不是设置转让条件、硬性要求完成投资25%以上后方能转让。极端的事例并不鲜见，即发展商在缴付出让金、取得土地使用权证后因资金原因无力继续开发，又因《城市房地产管理法》第三十八条的规定未完成投资总额的25%而无法将土地转让给他人开发，虽双方有意，却法律无情，土地资源因此得不到有效利用，市场流通因此受到阻碍。当然，房屋预售时虽也涉及预售房屋占用范围的土地使用权的转让，但因出售的标的是房屋，法律为保护购房人的利益要求预售房必须达到一定的建设条件有合理性，《城市房地产管理法》第四十四条关于预售的商品房、其投入开发建设的资金达到工程建设总投资的25%以上、并已经确定施工进度和竣工交付日期的规定并无不妥。值得注意的是，《城市房地产管理法》中的“转让”是广义的“转让”，其范围应包括买卖、赠予和其它合法方式如作价入股、继承等，其中赠予是没有对价的，继承可以是法定的，作价入股的目的可能就是为了实现前期投资包括前期25%的投资，如果硬性要投资25%之后才能赠予、继承或作价入股，既不必要，也不可能。因此，笼统地规定属于房屋建设工程的土地使用权应在完成开发投资总额的25%以上后才能转让是不准确和不合理的。　　
二、缴清土地出让金缴清土地出让金是土地使用权得以转让的前提条件，此规定见于《城市房地产管理法》第三十八条第
(一)款。按理，依出让合同缴交出让金是通过出让取得土地使用权的对价，没有缴清出让金，就不能取得土地使用权证，没有取得土地使用权证，就不能认为受让人取得了土地使用权。　　当事人未取得土地使用权，如何能转让土地使用权?但在实务中，地方政府为支持房地产业的发展或其他原因，常常同意发展商分期缴付出让金，在出让金缴清前，先向发展商核发土地使用证，在此情况下用地人转让土地使用权，恐难以其未缴清出让金为由否认其转让行为的效力，因为：
1、缴付出让金是出让合同设定的义务，依合同之相对性，出让合同载明的权利与义务只对合同的当事人有约束力，不能用来对抗第三人。政府不能以用地人未缴清出让金为由来对抗转让合同中的受让人。
2、土地使用权证一经核发，其登记资料亦依法公示，转让合同中的受让人有充分理由对公示予以信赖，而无任何义务查知转让人是否已经缴清出让金，查知其拥有土地使用权即可。因此，用地人未缴清土地出让金，但已取得土地使用权证的，其转让土地使用权合同的效力应当支持，政府可依出让合同向转让人追缴出让金。对于划拨土地使用权，用地人虽有土地使用权证，但因未办理出让手续和缴纳土地出让金，其转让时应报有审批权的政府审批，以确定办理出让手续或缴纳土地出让金等相关事宜。