有两个孩子，父母分开两年已经算离婚了，母亲还可以要回一个孩子吗？

协议离婚孩子归女方的，男方可以起诉要求孩子抚养权。
　　如果在协议离婚时约定孩子归女方抚养的，在离婚之后，男方仍有权向法院提起变更抚养权诉讼，要求孩子归男方抚养。
　　《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》
　
1、离婚后，一方要求变更子女抚养关系的，或者子女要求增加抚育费的，应另行起诉。

2、一方要求变更子女抚养关系有下列情形之一的，应予支持。
（1）与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女的；
（2）与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响的；
（3）十周岁以上未成年子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力的；
（4）有其他正当理由需要变更的。

夫妻离婚两个孩子的抚养权没有直接规定，可以参照以下规定：
(1)两周岁以下的子女的抚养问题。两周岁以下的子女，一般都处在哺乳期，一般随母方生活。但是母方有下列情形之一的，可随父方生活:
　　
①患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的;
　　
②有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的;
　　
③因其他原因，子女确无法随母方生活的。
　　父母双方协议两周岁以下子女随父方生活，并对子女健康成长无不利影响的，可予准许。
　　
(2)对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑:
　　
①已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的;
　　
②子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的;
　　
③无其他子女，而另一方有其他子女的;
　　
④子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。
　　
(3)父方与母方抚养子女的条件基本相同，双方均要求子女与其共同生活，但子女单独随祖父母或外祖父母共同生活多年且祖父母或外祖父母要求并且有能力帮助子女照顾孙子女或外孙子女的，可作为子女随父或母生活的优先条件予以考虑。
　　
(4)父母双方对10周岁以上的未成年子女随父或随母生活发生争执的，应考虑该子女的意见。

解决子女抚养问题的总原则是：从有利于子女身心健康，保障子女的合法权益出发，结合父母双方的抚养能力和抚养条件等具体情况妥善解决。
子女随父方还是母方生活协议处理离婚家庭的子女随父方生活还是随母方生活，可以由双方在离婚的时候协商决定。
如果双方是协议离婚，应在离婚协议书上写明关于子女随哪方生活。
　　在离婚之诉中，如果双方就子女抚养问题达成协议，一般法院会尊重其协议，但是双方协议由父方或母方抚养子女对子女正常生活有严重不利的除外。
双方协议轮流抚养子女的，应该尊重双方协议。
　　子女不足两周岁如果离婚家庭有不足两周岁的子女，那么考虑到子女较小，更加需要母亲的照顾，有的可能尚处于哺乳期，所以法律规定离婚后子女一般随母方生活。
　　但如果母方有特殊原因，实际上不能或不愿抚养子女的可以随父方生活。特殊原因主要是指：母方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病、母方有抚养条件不尽抚养义务等。
　　子女在两周岁以上离婚家庭的子女在两周岁以上，且双方同争子女抚养权的，法院应同等的考虑双方的情况，看子女随哪方生活更有利于其成长。