我妹妹和厂里订了内退协议，约定工资低于当地最低工资，扣除保险只有294元。是否合法？

劳动者和用人单位可以协商关于工资报酬的事项，但是约定的工资不得低于当地的最低工资标准。

合同工资低于最低工资怎么办？《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条　劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。
劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。劳动合同工资低于最低工资标准的，可申请劳动仲裁要求用人单位支付赔偿金。

在职员工不称职（不胜任工作），用人单位有合理调岗的权力、经双方协商薪酬标准（书面形式）确定，执行调岗后新工资标准。
　企业调岗的目的之一就是合理的调整薪酬，否则对许多企业而言，调整岗位就失去了意义。对于劳动者不胜任工作的情形，法律规定了用人单位有合理调岗的权利，经双方协商薪酬标准（书面形式）确定，执行调岗后新工资标准。
　　岗位管理包含了岗位的薪酬管理，岗位异动也往往伴随着岗位报酬标准的变动，法律规定了企业在员工不胜任前提下可调岗，其让渡的应当是完整的岗位管理权，该权利包括履行新的岗位薪酬标准、新的考核办法等。员工因不胜任工作而被调整到新的岗位，其薪酬应当根据新岗位的标准确定，否则有违于“同工同酬”的基本立法思想。但另一方面，为了防止企业调薪权利的滥用，企业在调薪操作时应当基于以下前提：
　　
1、有明确的岗位职系和薪酬对应标准；若无制度规定和合同约定，调岗后的薪酬标准应当协商确定，而不能由用人单位单方确定。
　　
2、与员工书面确定新的岗位与报酬标准。