我公司为员工申请了工伤认定，并且社保局认定为工伤，但因为诊断证明结果的原因（前后在两个医院诊治，两个诊断证明相悖），我公司根据第二个医院的诊断证明，认为不是工伤，请问我公司通过什么途径，可以否定已认定的工伤

进行工伤认定时，有如下步骤：
（一）调查事故发生经过，作相关的证据固定工作，对于一些容易更失或被损毁的证据应及时保全，对一些流动性强或无固定职业的证人要及时作调查笔录。
（二）制作《工伤认定申请书》，并填写《工伤认定申请表》。
（三）向工伤事故发生地过去部门提交申请书及申请者，并提供以下材料：
1.受伤职工的身份证复印件及用人单λ工商登记材料；
2.劳动合同复印件或可证明存在劳动关系或事实劳动关系的材料；
3.事故发生时病历、诊断证明书，法院记录等医疗材料；
4.如系机动车事故伤亡的，应扣交警部门的事故认定书或其他有效证明。
（四）及时与劳动部门联系，看是否需补充材料。
（五）领取工伤认定书或不予受理通知书。
如对工伤认定申请、劳动部门的不支持的情形，应考虑如下：
1.是否属其它案由，走其它程序；
2.是否需提出重新认定申请或向劳动主管部门作出书面报告；
3.是否需行政复议或行政诉讼。

《工伤保险条例》第十四条规定：职工有下列情形之一的，应当认定为工伤：
（一）在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的。
（二）工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的。
（三）在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的。
（四）患职业病的。
（五）因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明。
(六)职工在合理时间内往返于工作地与配偶、父母、子女居住地的合理路线的上下班途中发生事故的，亦可认定为工伤。
（七）法律、行政法规规定应当认定为工伤的其他情形。

申请材料
　　
1、填写完整的工伤认定申请表（申请表在受理机构领取或上海市人力资源社会保障局网下载）；
　　
2、伤亡人员与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料的原件和复印件；
　　
3、包括初次的医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）的原件和复印件；
　　
4、根据不同伤害情形，另需分别提供
　　
（1）属于履行工作职责受到暴力等意外伤害的，提交公安部门或者人民法院出具的证明材料；
　　
（2）属于因工外出期间由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的，提交用人单位出具的因工外出证明材料；其中发生事故下落不明的还需提交相关部门出具的下落不明证明材料；
　　
（3）属于交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故的，提交公安机关交通管理、交通运输、铁道等部门或司法机关出具的相关法律文书；
　　
（4）属于从事抢险救灾等维护国家利益、公共利益活动中受到伤害的，提交相关部门出具的证明材料；
　　
（5）属于因战、因公负伤致残的复员转业军人旧伤复发的，提交革命伤残军人证及本市工伤保险定点医疗机构出具的旧伤复发诊断证明材料；
　　
（6）委托他人申请的，应当同时提交被委托人的身份证明；
　　
（7）其他特殊情况需提交的证明材料。