首先,建议你到当地的律师事务所咨询,以得到更全面、更详尽的解答。以下是我个人意见,仅供参考:
1、如果甲确曾代你父亲还款11000元的话,你父亲另外给甲签写了借据,则你父亲甲人之间是借款合同法律关系。
2、你父亲是向农村合作基金会借款的,如已撤消,则仍然有承继它权利义务的机构,你父亲仍有义务向后来的承继机构还款。
3、房屋抵押需到房屋管理部门办理抵押登记方为有效,你父亲将房产证交给甲抵押不符合法律规定,因而无效。至于甲或其家人如需使用土地,需按照土地管理法的有关规定办理相关手续,否则违法。
4、你父亲与农村信用社存在借与被借的关系。但,法律规定诉讼时效为两年,如果信用社超过约定还款时间2年以后,才来催收借款的话,你们可以超过诉讼时效为由,拒绝还款。