工程竣工验收结算已经三年多没有审计，现在甲方又要审计，这合法吗？

如果合同没有特别约定，审计不影响给付工程款。

看工程施工合同约定 情况 确定 这种情况

国家对竣工结算和审计的时间没有要求；对于一个地区来说，没有要求必须对工程结算进行审计；一般来说，只要甲、乙双方没有争议，符合国家结算制度，任何一种工程结算都可以；至于工程结算的时间和哪些项目需要审计，审计机关有自己的工作安排；此外，有些项目的工作量和结算难度也不尽相同。因此，国家对竣工结算和审核时间没有要求；工程结算审计是在工程竣工结算或工程结算单位之间进行的；主要内容如下：
1、中间结算应检查工程形象进度的工程量、施工产值和预算费用是否正确、真实，本期待结算工程价款净值是否与本期实际建设产值或结算值一致，以及扣除预支工程款、扣除备料款、甲方物资款等扣除后的余额；
2、 竣工结算应审查竣工质量验收和决算的符合性，未完成部分工程应计费用的合理性，双方经济往来是否明确，有无违反结算纪律的行为。法律依据：一，根据《审计法》第二十二条：审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算，进行审计监督。
二、根据（审计法实施条例》第二十条：审计法第二十二条所称政府投资和以政府投资为主的建设项目，包括：
（一）全部使用预算内投资资金、专项建设基金、政府举借债务筹措的资金等财政资金的；
（二）未全部使用财政资金，财政资金占项目总投资的比例超过50%，或者占项目总投资的比例在50%以下，但政府拥有项目建设、运营实际控制权的。审计机关对前款规定的建设项目的总预算或者概算的执行情况、年度预算的执行情况和年度决算、单项工程结算、项目竣工决算，依法进行审计监督；对前款规定的建设项目进行审计时，可以对直接有关的设计、施工、供货等单位取得建设项目资金的真实性、合法性进行调查。