合同双方经协商一致通常是可以约定鉴定机构的。根据我国相关法律的规定,双方有特殊要求的,经双方协商一致,还可以选择有资质的鉴定人。双方可以按照约定从其委托的鉴定机构中选择符合条件的司法鉴定人来进行鉴定。法律依据:《
司法鉴定程序通则》第十一条
司法鉴定机构应当统一受理办案机关的司法鉴定委托。
第十八条
司法鉴定机构受理鉴定委托后,应当指定本机构具有该鉴定事项执业资格的司法鉴定人进行鉴定。
委托人有特殊要求的,经双方协商一致,也可以从本机构中选择符合条件的司法鉴定人进行鉴定。
委托人不得要求或者暗示司法鉴定机构、司法鉴定人按其意图或者特定目的提供鉴定意见。
第十九条
司法鉴定机构对同一鉴定事项,应当指定或者选择二名司法鉴定人进行鉴定;对复杂、疑难或者特殊鉴定事项,可以指定或者选择多名司法鉴定人进行鉴定。