生育津贴下来后 公司除了扣掉个人部分还要扣掉公司缴纳部分

生育津贴要扣除每月实发工资进行发放，有三种情况：
1、产假期间公司发放的工资和社保局发放的生育津贴不能同时享受，如果单位有交社保，产假期间企业无需向职工支付工资，而是由公司凭女职工的生育凭证，到生育保险基金处为其申请生育津贴，以生育津贴作为女职工产假期间的工资；
2、若企业为职工缴纳的生育保险费基数低于女职工上年度平均工资收入，那么将导致女职工领取的生育津贴低于其正常出勤期间的工资，企业需要予以差额补足；
3、如果单位没有交社保，产假期间公司应当按正常出勤发放工资。
法律依据：《女职工劳动保护特别规定》
第四条
用人单位应当遵守女职工禁忌从事的劳动范围的规定。用人单位应当将本单位属于女职工禁忌从事的劳动范围的岗位书面告知女职工。女职工禁忌从事的劳动范围由本规定附录列示。国务院安全生产监督管理部门会同国务院人力资源社会保障行政部门、国务院卫生行政部门根据经济社会发展情况，对女职工禁忌从事的劳动范围进行调整。
第六条

女职工在孕期不能适应原劳动的，用人单位应根据医疗机构的证明，予以减轻劳动量或者安排其他能够适应的劳动。
对怀孕7个月以上的女职工，用人单位不得延长劳动时间或者安排夜班劳动，并应当在劳动时间内安排一定的休息时间。
怀孕女职工在劳动时间内进行产前检查，所需时间计入劳动时间。
第七条

女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天；难产的，应增加产假15天；生育多胞胎的，每多生育1个婴儿，可增加产假15天。
女职工怀孕未满4个月流产的，享受15天产假；怀孕满4个月流产的，享受42天产假。