工资直接扣税，是合法的
你公司是扣缴义务人，在发工资的时候，直接从工资里将个人所得税扣，不给任何收据发票，这很正常的
你公司
将所扣税款上缴税务局时，税务局才给开一张总的税票．
扣缴义务人向个人支付应纳税所得（包括现金、实物和有价证券）时，不论纳税人是否属于本单位人员，均应代扣代缴其应纳的个人所得税税款。
个人所得税实行源泉控制，即由支付人履行代扣代缴的义务，按照法律依据：《个人所得税法》规定，扣缴义务人向个人支付下列所得，应代扣代缴个人所得税：工资薪金所得、对企事业单位的承包经营承租经营所得、劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、利息股息红利所得、财产租赁所得、财产转让所得、偶然所得、经国务院财政部门确定征税的其他所得等。扣缴义务人向个人支付应纳税所得（包括现金、实物和有价证券）时，不论纳税人是否属于本单位人员，均应代扣代缴其应纳的个人所得税税款。本文拟针对企业经常出现的几种代扣代缴情况，指出如何计算扣缴的税款及账务处理。
一、企业为职工代扣代缴个人所得税有两种情况：职工自己承担个人所得税，企业只负有扣缴义务。
第一，企业作为个人所得税的扣缴义务人，应按规定扣缴该职工应缴纳的个人所得税。代扣个人所得税时，借记：“应付工资”科目，贷记：“应交税金-代扣代缴个人所得税”科目。
第二，企业为个人代付个人所得税通常有两种情况：一是按照
合同或者协议规定，纳税义务人应纳的个人所得税全部或部分由企业负担。这种情况通常是企业的自愿行为。二是因企业未履行扣缴义务，个人所得税由企业赔缴。这种情况是税法对未履行扣缴义务的一种“处罚”。企业除了赔缴税款外，还需按规定缴纳一定数量的滞纳金和罚款。
由于个人所得税是对取得应税收入的个人征收的一种税，其税款本应由个人负担。企业代纳税人负担的税款属于与企业经营活动无关的支出，应记入“营业外支出”科目。与之相适应，企业代负的个人所得税也不得在企业所得税前扣除，在年终申报企业所得税时，应全额调增应纳所得税。
