软件著作权申请登记程序有填写申请表、软件基本信息采集表;提供部分源程序(电子版)、提供软件设计说明书;报送审查;版权中心复审;以及发证和公告。法律依据:《计算机软件著作权登记办法》第九条
申请软件著作权登记的,应当向中国版权保护中心提交以下材料:
(一)按要求填写的软件著作权登记申请表;
(二)软件的鉴别材料;
(三)相关的证明文件。
第十一条
申请软件著作权登记的,应当提交以下主要证明文件:
(一)自然人、
法人或者其他组织的身份证明;
(二)有著作权归属书面合同或者项目任务书的,应当提交合同或者项目任务书;
(三)经原软件著作权人许可,在原有软件上开发的软件,应当提交原著作权人的许可证明;
(四)权利继承人、受让人或者承受人,提交权利继承、受让或者承受的证明。