公司人事专员李某2008年5月份与公司合同到期,正巧在孕期,由于人事是她本人管,因此,她并没有给自己签新合同,2008年8月7日她休产假,公司临时有人员接替她的工作,2008年12月底,她本人经过生育部门报销后将单子留给公司,并让财务将所报销的6000多元一齐打入其个人账户。2008年8月至2009年7月,公司给她的工资都是每月900元。产前她的基本工资900,加上岗位和绩效工资、交通、通讯、误餐所有补贴每月应得工资2050元,公司为她社保所交基数是按照当地最低的申报基数所交。公司考虑到她在哺乳期,因此2009年7月和她本人补签了新合同,时间为2008年5月至2009年8月7日。合同解除后,公司将产假4个月发给3600元扣回,并且按照劳动法规定,经济补偿金按照合同解除前12月的工资平均值补偿了她两个月工资,对于这一系列的做法,请问公司如果和这位员工对薄公堂,公司哪些地方做法不妥呢?
未面谈及查看证据材料,律师回答仅供参考。