房地产企业,邀请某建筑公司先予签订工程施工意向协议,约定平方包干单价,合同总价1240万元。后通过招投标,施工企业按照开发企业提供的招标文件和《工程量清单》投标报价,《工程量清单》说明已经包括施工图所示全部内容,签订施工合同,合同总价为1290万元,但工程款结算却约定为按照意向协议中的平方单价包干。按图施工完成后,发现《工程量清单》工程量与图纸包括的工程量相差400万元,为此发生结算纠纷。请问:招标后的《施工合同》约定的结算方法与招投标文件实质不符,追认以前的包干单价的约定是否有效?请律师帮忙回答。谢谢!
未面谈及查看证据材料,律师回答仅供参考。