问题不复杂,关键是理清思路及法律关系:
首先,据您叙述,先前买地的资金是对方出的,只是用了地产公司资质。但从法律关系上而言,地属于您父亲公司,与第三人无关。
其次,至于现在对方要拿这块地去抵押用做银行贷款,一般人情事理而言,如您父亲所言前期用(对方出的钱)后期必须用,但法律上不认可,抵押事宜必须经过股东会通过,且必须以公司名义进行,您父亲当然不必同意。
这里面最大的法律风险是,虽然现在土地评估1000多万,超出贷款数额。但以后地价下跌,不足赔偿,您父亲公司为第一赔偿人。如何签订协议此法律风险不会规避,只会降低。具体请与律师联系。