在实践中，有存在两份不同股权协议的情况发生。一份是双方当事人手中的协议，一份是在市场监管部门处备案的协议，如果两份协议内容不一致，哪一份有效呢？

这里要分为两种情况；一种是为了规避法律规定，比如为了少缴税等；一种是因为在市场监管部门备案时，被要求用统一的版本，但统一的版本无法全面表达协议双方的真实意思。

对于目的是为了规避法律规定的协议，会被认定为部分无效或全部无效，还有可能面临相关部门的处罚，不建议这样做。对于第二种情况，在监管部门处备案的，只是股权变更的公示，仅具有公示公信力，对外起到公示作用。股权转让强调的是当事人意思自治，即只要不违反强制性法律规定，应当以双方真实意思为主，结合协议签订的目的、具体内容、时间、相关辅助证据等综合判定。

如果确实需要一份表达真实意思的协议，建议在《股权转让协议》中明确显示：因市场监管部门要求用统一版本，该版本与本协议意思不一致的以本协议为准。这样对于双方的合作会比较有利。