一个案子
农村房屋，祖上留下一套土木结构的房屋，父亲去世后,哥哥在队上当治安员,于是村上办土地使用证时,办成了自己的名字92年，2007年为房子发生纠纷,全家人在村上调解,房子分给两个妹妹,由两个妹妹去翻建,各建62平方米，两个妹妹分别补偿3000元,已经履行,两个妹妹写翻建申请,经村同意建盖了4层，两个妹妹要求去变更土地使用证发生纠纷，现该怎么办？
补充：土地使用证来源为继承，母亲还在，请问是通过法院确认房屋所有权,还是撤销土地使用权？首先，房屋已分给两个妹妹，翻建的房屋又系两个妹妹出资，双方均无异议