由于小产权房的特殊法律属性，使得小产权房的流通转让存在很多的限制，因为小产权房只具备了普通商品房的使用性质，但不具备普通商品房的法律性质，购房人的权益很难得到维护。

1.买受人不能取得房屋所有权证。

即使买受人取得有乡政府或村委会盖章的所谓“产权”或类似的文件，如果将来乡政府或村委会反悔，要收回房屋，买受人只能要求返还房屋价款。

2.开发商违约可能无法获赔

由于购买小产权房的特殊合同性质，根据目前已有的案例来看如果购房人明知所购房屋是小产权房仍然购买的，由于己方有过错，可能人民法院就不会支持其要求赔偿损失的请求。而且即使开发商违约，购买人的权利也可能无法得到保障。

3.小产权房无法过户

由于所购小产权房得不到法律的认可和保护，没有得到国家房地产主管部门的批准，无法办理合法的产权手续，购买后也不能合法转让过户。同时对房屋的保值和升值也有很大影响。

4.小产权房无法办理抵押。

根据我国担保法规定，“小产权房”不适宜作为抵押物，只有能够自由流通的物才能成为抵押物，限制流通物在一定条件下可以成为抵押物。

购买小产权房的政策风险，如购买的是在建小产权房，购房人与开发商签订合同并交付房款后，如果相关部门整顿小产权房的建设项目，可能就会导致部分项目停建甚至被强迫拆除。那么结果只能是购房人找开发商索要购房款，购房人就可能面临既无法取得房屋，又不能及时索回房款的尴尬境地。

另外，购房后如果遇到国家征地拆迁，由于小产权房没有国家认可的合法产权，购房人并非合法的产权人，所以其很可能无法得到对产权进行的拆迁补偿，而作为实际使用人所得到的拆迁补偿与产权补偿相比是微乎其微的。

小产权房屋的开发建设还没有明确的规定加以约束，开发建设的监管同样存在缺位。而小产权房屋的开发得不到银行贷款支持，开发过程中其大量的开发资金没有政府和银行进行监管，主要依靠开发商自律进行开发建设，一旦开发单位的资金或其它环节出现问题，极有可能变成烂尾工程。

如果是将购房资金预交给没有任何资质和监管的开发单位，对购房者而言，资金的安全，开发商资金是否按时到位，是否能够按质按时的交付房屋存在着很大的风险。同时，开发单位的资质没有，房屋质量和房屋售后保修难以保证。而且，入住后的物业管理也极易出现问题。