被征收房屋没有办理城市房屋初始登记（即无产权证件）时，在征收中，征收方（拆迁人）一般认为无证房屋就是违章建筑，违章建筑就不予补偿，以此为借口达到不予补偿或者少补偿的目的，这也是许多“拆迁事件”发生的原因之一。

事实上，根据《物权法》规定，不动产登记系物权公示，未经公示不一定违法。无证房屋系未公示房屋，未公示房屋包括无法公示和没有公示。无法公示是指不具备公示条件，即是违法建筑；没有公示并非就是违法建筑。当被征收房屋无证时，征收部门无权直接认定系违章建筑，应当致函商请城乡规划部门对是否属于违法建筑进行认定。根据《城乡规划法》的规定，城乡规划部门有权对城市规划区内房屋是否符合城市规划进行认定，这种认定系行政确认行为。规划部门确认时应当以房屋是否符合城市的总体规划和控制性规划进行判断，而非以被征地时的总体规划和控制性规划进行判断。另外，根据《城乡规划法》的实施时间，笔者认为，其只能在认定2008年1月1日以后新建的房屋是否属于违建时作为法律依据。

无证并非违章，应具体情况具体分析，即使属于违章建筑，也应根据行政法中的“比例原则”即《行政处罚法》中的“过罚相当”原则给予合理补偿。至于如何补偿，可以考虑建造的时间、当时的立法状况、当时执法机关是否存在不作为等因素综合制定无证房屋的征收补偿方案。房屋建造时严重违反城乡规划及土地管理法或明知已经发布征收公告或者即将被征收而恶意抢建的房屋可以不予补偿。