关于超过诉讼时效法院应当如何处理，民事诉讼法的司法解释有明确的规定。最高人民法院关于适用《中华人民共和国民事诉讼法》若干问题的意见第153条规定：“当事人超过诉讼时效起诉的，人民法院应予受理。受理后查明无中止、中断、延长事由的，判决驳回其诉讼请求。”在司法实践中，各地法院的立案庭在受理时会进行程序性审查，有的还会进行基本的实体审查，所以诉讼时效的问题会被立案庭的法官所提出。对于超过诉讼时效的案件，法院会受理，但是会提示当事人，案件进入审判庭以后，法院也会主动审查诉讼时效的问题。所以，即使对方当事人不以超过诉讼时效提出抗辩，法院也会主动审查，发现没有中断、中止和延长事由的，会以判决的形式驳回诉讼请求。以判决的形式驳回诉讼请求，也就表明了法院对实体问题进行了审查，法院不会对这个纠纷再次处理，也不可能申请强制执行。