从本质上讲，公司制度构建所要解决的主要问题是股东之间利益的平衡，因资本多数决原则的确立和实施，中小股东在公司利益格局中处于弱势。因此新公司法规定了一些旨在保护中小股东利益的条款，为中小股东提供了相应的法律工具以实现自己的股东权利。

有限责任公司是具有人合性质的公司，一般来说，股东之间都具有相当的信赖关系始可能共同出资设立公司从事商业营业，因此公司法在调整股东之间的关系时更依赖于股东之间的意思自治。从此理念出发，公司法在与有限责任公司内部治理有关的规定中，大量使用了“章程另有规定的，从其规定”等字句。这样，在有限责任公司中，公司章程和公司法一同成为保护中小股东权益的武器，本文即从这两个方面来论述中小股东权益保护的方法和程序。

在公司设立时争取制定一个公平合理的公司章程是公司中小股东权利保护的重要前提。

在我国公司治理实务中，一向有重公司法而轻公司章程的习惯，许多公司制定公司章程时，往往照抄公司法的规定，或直接按工商行政管理部门提供的标准章程文本填写了事，使得公司章程不能体现具体的公司股东之间利益的搏奕结果，为以后大股东侵害小股东利益以及股东之间的争执埋下隐患。因此，按照公司所从事行业的特点、各股东在公司中所处地位、甚至股东的个性特点来制定公司章程成为中小股东保护自己利益的首要工作，一个好的公司章程，既可以避免公司治理过程中的僵局、加强公司民主管理、保障公司科学决策，同时也可以为中小股东权益保护提供多种有效的法律工具。

同时，任何人都不会轻易放弃已经取得的权利或优势，但在权利的初始分配过程中则会比较容易达成妥协。这样，在公司设立之初比公司运营过程中更容易使大股东接受小股东的意见。所以，在公司设立过程中即寻求一个有利的公司章程对于中小股东来说，既是可行的，也是必须的。