已付工程款与其他应扣款的认定是建设工程施工合同纠纷中常见的争议点，审判实践中因付款方式多样、证据不完善等原因，该部分事实的查明较为困难，需要法官根据各方证据、交易习惯、日常生活经验等综合考量。

一银行汇款。双方对于银行汇款的争议一般在于款项是否用于支付案涉工程款，承包人或实际施工人对收到款项没有异议，仅抗辩系双方其他经济往来的，应由承包人或实际施工人承担举证责任。

二承兑汇票。承兑汇票不同于现金支付，取得承兑汇票，仅是获得了票据权利，在未实际兑付前，相应的工程款债务并未消灭。一般承包人接受发包人开出承兑汇票并到期兑付的，或者已将承兑汇票背书转让的，应视为发包人已付工程款。若因出票人或承兑人的原因不能兑付，该部分款项未实际支付，接受承兑汇票的承包人可以选择依据基础合同关系主张权利或行使票据权利。此外，承包人接受承兑汇票即需接受承兑汇票的期限，若期限未届满提前兑付，在合同未约定贴现费用由发包人负担的情况下，一般以票面金额作为已付款，贴现费用不从已付款中扣除。

三现金支付。建设工程领域中以现金支付工程款的情形较为常见，诉讼中发包人常提交施工人出具的收据以主张该款项已支付。若施工人否认实际收到该款，则应结合金额大小、存取款凭证、双方交易习惯等综合判断。

四工程借款。在发包人欠付承包人进度款或结算款同时发包人或发包人实控人、高管等向承包人出借款项并约定利息的情形下，由于承包人一般是基于发包人拖欠进度款或结算款才与发包人或发包人实控人、高管等发生工程借款，并非单纯的民间借贷纠纷。若发包人以工程借款本息作为已付款主张抵销的，应结合工程欠款情况予以处理，避免以约定的工程借款利息将承包人本应获得的工程款抵销导致双方利益失衡。

五代付材料款、分包工程款、劳务工资等。

发包人主张其代承包人履行了付款义务，要求计入已付款，则应审查付款的真实性、数额的合理性，如能够证明付款真实、合理，且减少承包人的债务，则应认定为发包人代付款。