工程造价、工程质量、停工损失是建设工程施工合同纠纷案件中的主要争议事项，往往涉及专门性、技术性问题，需要通过委托司法鉴定辅助认定。
鉴定中应注意以下方面：1审查鉴定的必要性和可行性。如当事人申请鉴定的事项明显不成立或无需鉴定的，鉴定申请不予准许。如确有鉴定的必要,需判断是否具备鉴定条件。
2举证责任的分配和释明。合议庭认为争议事项需要进行鉴定，经询问，当事人对申请鉴定责任由谁承担存在争议的，已完工程价款申请鉴定的责任一般分配给施工人，工程质量申请鉴定的责任一般分配给发包人。在分配举证责任后，负有举证责任的当事人仍不申请鉴定的，合议庭应向其释明逾期不申请的法律后果。
3审查鉴定机构的资质。合议庭需对鉴定机构或鉴定人的资质进行审查，其中对鉴定机构资质的审查应依据资质证书，而非营业执照。目前司法鉴定要求鉴定机构和鉴定人均需具备相应的资质，实践中虽对鉴定机构资质有放宽趋势，但至少鉴定人需有相应的职业资格证书。以工程造价鉴定为例，注册造价工程师分为四个专业，土木工程、安装工程、交通运输工程、水利工程，但实践中经常出现两名鉴定人中的一人或两人的专业与鉴定资质要求不符的情形。如进行土建、安装鉴定，但鉴定机构是资产评估公司且人员仅有物价评估资质；又如进行路桥工程造价鉴定，鉴定人本应为交通运输工程专业，但鉴定人却是土建、安装专业，造成鉴定意见无法作为定案依据。
4需由法院先行确定或决定的事项。
存在以下情形时，当事人可建议鉴定机构提请法院先行确定或决定以下事项，鉴定机构不提请法院确定或决定的，当事人必要时可自行向法院提请确定或决定以下事项，或建议法院要求鉴定机构就争议问题出具相应鉴定意见供法院参考：
1.涉及合同效力认定的；
2.存在多个合同需确定以哪份合同作为结算依据的；
3.当事人之间对计价依据、计价方法约定不明或对计价依据、计价方法等约定存在争议，需选择适用的；
4.涉及事实无法查明或证据缺失时的责任分配的；
5.相关鉴定事项的确定、计算有赖于合同约定，但合同中约定不明或未约定的；
6.鉴定事项有赖于非委托范围内的其他事项先形成鉴定结论或需第三方专业机构进行现场勘验的。

鉴定事项的审查与引导。鉴定时不能简单以当事人申请内容确定鉴定事项和范围，应结合争议事实确定鉴定事项和范围。如在承包人依约完成全部施工内容的情形下，合同约定按照平方米单价结算，则仅应对变更部分工程造价进行鉴定，若当事人申请按定额对全部工程进行鉴定，不应准许。又如，工程未完工且合同无效，承包人主张对预期利益进行鉴定，不应准许。再如，不属于地基基础、主体结构的质量问题，且已超过保修期，发包人申请质量鉴定，不应准许。

6鉴定材料的提供。工程造价鉴定中，按鉴定材料的性质、名称和内容，包括但不限于以下常见材料，当事人可根据个案鉴定中所需证明的目的、对象的不同，选择其中一项或多项进行举证：
1.项目前期立项、核准、备案、土地使用权取得文件等；2.资质、规划等各类行政许可文件；3.招标文件及招标澄清内容；4.发包人要求文件；5.标底或预算书；6.地质勘察报告；7.投标函及附录、商务标、技术标、承包人建议书；8.中标通知书；9.工程量清单或价格清单；10.各类合同、补充协议，有关合同结算金额或履行金额的依据；11.施工组织设计和施工进度计划；12.各类图纸，图纸会审纪要；13.签证单、联系单、设计变更（更改）通知单、技术确认单、设备或材料认价文件、洽商函；14.各类会议纪要及会议记录；15.施工日志、监理日记及其他记录类文件；16.计价规范（定额）文件、信息价文件及相关勘误书、表；17.与鉴定事项相关的其他政策文件、标准或规范；18.各方指令及确认文件；19.工程量月报表、进度款支付证书、进度款审批表；20.甲供（乙供）材料、设备清单及依据；21.落实安全文明施工措施、临时设施投入等事实依据；22.隐蔽工程、分部分项验收材料；23.开工报告或开工令，停工报告或停工令；24.竣工报告、预验收会议纪要或证明、竣工验收意见表、竣工验收备案表；25.管理人员备案表、管理人员及施工人员考勤表（考勤记录）；26.工资发放记录，分行业分岗位工资标准依据文件；27.施工机械设备的进退场审批单；28.相关气象资料或不可抗力事件证明；29.各类往来函件、意向书或报告文件及签收记录；30.相关统计部门发布的统计年鉴或数据。

工程质量鉴定事项的确定。工程质量鉴定包括质量是否符合合同标准或国家标准、修复方案、修复费用的鉴定，三者之间是递进关系，部分质量问题还需进行原因力鉴定。要根据案件情况确定质量鉴定事项，发包人主张为证明工程质量不符合约定而反诉主张修复费用或抗辩减少工程价款的，一般应对工程质量、修复方案、修复费用一并进行鉴定。