特殊工时制是相对标准工时制而言的，《国务院关于职工工作时间的规定》第五条规定"因工作性质或者生产特点的限制，不能实行每日工作8小时、每周工作 40小时标准工时制度的，按照国家有关规定，可以实行其他工作和休息办法。"这里的 "其他工作时间和休息方法"指的就是特殊工时制。作为一项制度，特殊工时制包括许多种具体的工时制度，我国已实行的主要有：缩短工时制、综合计算工时制、不定时工时制、计件工时制。南京市于2011年6月1日正式施行的《南京市企业实行特殊工时制审批管理办法》（下称"《管理办法》"），其中规定特殊工时制仅指综合计算工时工作制和不定时工作制。现行的《管理办法》对特殊工时制适用的范围和条件以及加班问题都做了比加大的调整，主要体现在如下几个方面：

第一，关于适用范围方面，综合计算工时工作制在原有的四款规定中增加了一款，"因工作地点较远需要集中安排工作、休息的职工"；不定时工作制在原有规定的基础上增加了维护和抢修人员和高管的专职司乘服务人员，另细化了原先的规定，如将"企业中的高级管理人员"更改为"国有企业中的高级管理人员（企业领导班子成员），非国有企业中事先约定实行年薪制的高级管理、高级技术人员（年薪超过当地社会平均工资三倍）"；"出租汽车司机"更改为"实行承包经营出租车的驾驶员"；"营销人员"更改为"实行工作量与工资挂钩不统计出勤的营销人员"；"铁路、港口、仓库的部分装卸人员"更改为"实行工作量与工资挂钩的铁路、港口、仓库的部分装卸人员" ；

第二，关于适用条件方面，在原有笼统的规章制度中细化规定了劳动合同制度、集体协商制度、考勤制度、工资分配与支付制度，劳动社会保险制度、劳动保障年检制度，并突出了对未成年人以及女职工的特殊保护制度的执行和企业中职工代表大会的协商制度和公示制度，另现行的《管理办法》将劳务派遣中涉及特殊工时制的具体条件作为单独的一款予以规定，即"在特殊工时工作制岗位使用劳务派遣劳动者的，用工单位在征得劳务派遣单位的书面同意后，按本办法规定向人力资源和社会保障行政部门提出申请"；

第三，关于特殊工时制中的加班问题，现行的《管理办法》将原来的"经批准实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内，某一具体工作日的实际工作时间可以超过8小时，但必须保证劳动者每天休息不得少于10小时；超过8小时以外的工作时间应当视为加班，必须按照劳动保障法律法规的规定支付劳动者加班工资"更改为"在综合计算周期内的实际工作时间总数应不超过该周期的法定标准工作时间总数（40小时／周、166.64小时／月、500小时／季、1000小时／半年、2000小时/年），超过部分应视为延长工作时间，企业应按照《江苏省工资支付条例》第二十条和第二十二条的规定支付加班工资，超过部分不得多于法定加班工时的上限"，按照《江苏省工资支付条例》得规定，双休日加班又不能调休的情况下，按不低于本人工资的150%支付加点工资，而不是200%的标准。

综上，我们可以看出现行的《管理办法》对特殊工时制的适用审批要比原先规定的严格很多，这也跟现实当中存在的诸多问题有关，如规定的太过笼统，标准不一；监管缺位，制约不足，特别是对劳动者利益难以保障，如职工的知情权，休息休假的权益、职工的工资等，有些情况下企业利用特殊工时制来侵犯职工的权益，不能不说新实行的《管理办法》是个进步。这当然不是为了阻碍特殊工时制的实行，而是为了让企业更合理、更规范的采用这种用工工时模式。有这样一个案件，案情是：

赖某2005年入职南京某公司，岗位为电话销售，双方签订的劳动合同中约定赖某的岗位执行标准工时制。半年后，赖某由于工作出色，被安排兼顾其他岗位工作，经常需要加班，但在月底领工资时却发现没有了加班费。赖某找公司交涉，公司给出的理由是从上个月起，所有销售岗位已变更为"不定时工作制"，依法无需执行加班工资的规定。并且拿出了当地政府劳动部门的一个批复，批准该公司对销售等3个岗位实行不定时工作制的申请。赖某不服，向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，要求公司支付其上月加班费2000余元。

仲裁委员会经过审理认为，《劳动合同法》第十七条规定，工作时间与休息休假是劳动合同的必备条款，双方在劳动合同中关于赖某的岗位适用标准工时制符合法律规定，应受法律的保护。某公司虽经劳动部门审批适用不定时工作制，赖某所在岗位也符合实行不定时工作制的相关条件。但是，劳动部门批准适用不定时工作制，是用人单位获得与劳动者约定适用不定时工作制的条件，但双方仍可以选择标准工时制。本案中，劳动关系成立在前，并且已经约定为标准工时制，用人单位要改变为不定时工作制的，属于劳动合同主要条款的变更。按照《劳动合同法》第三十五条的规定，用人单位仍然要与劳动者协商，并用书面形式变更劳动合同。如果劳动者不同意变更，只能按照劳动合同约定的条款继续履行劳动合同。因此，最终裁决支持了赖某的仲裁请求。

通过这个案件我们就可以看出，一个规范的操作流程对特殊工时制的效力就产生了决定性的作用。另企业在适用特殊工时制时还需注意以下几点：合理确定劳动定额，采用集中劳动、集中休息、轮休调休等适当方式，保障职工的身体健康；采用可留存的方式表明特殊工时制的适用已经通过了双方的协商和公示；不得任意扩大特殊工时制的适用范围，更不能以实行特殊工时制为名，随意延长职工的工作时间，不支付职工的加班加点工资，侵害职工的合法权益；另实行综合计算工时工作制的企业，日工作时间最多不得超过12小时，对于第三级以上（含第三级）体力劳动强度的工作岗位，职工每日连续工作时间不得超过11小时，且每周至少休息一天；实行综合计算工时工作制的有效期满需延续的，企业应在有效期满前三十日内向原审批机关书面提出延续申请等。

这是企业在特殊工时制适用的注意事项，那么员工在面临这样的情形时又该注意哪些，个人认为有以下几点：将岗位及工时制写入劳动合同中；保留公司公示的证据；收集变更的证据；了解所在岗位关于加班、休假的规定并收集证据；采取合理的方式予以维权，如向劳动监察部门进行举报或提起仲裁等。