1、在专利许可合同履行过程中发生争议当事人双方应当协商解决，也可以请求专利管理机关进行调解。

2、双方不愿协商、调解解决或者协商、调解不成的，双方商定，采用以下解决方法：

（1）因本合同所发生的任何争议，申请仲裁委员会仲裁;

（2）任何一方可以根据(民事诉讼法)的规定，向人民法院起诉。

3、要是起诉有困难的，建议委托专利律师代理，以节省时间。

办理专利合同备案，需要提交以下文件：

（1）专利实施许可合同备案申请表；

（2）专利实施许可合同；

（3）许可方、被许可方的身份证明（个人需提交身份证复印件，企业需提交加盖公章的营业执照复印件、组织机构代码证复印件，事业单位需提交加盖公章的事业单位法人证书复印件、组织机构代码证复印件）；

（4）许可方、被许可方共同委托代理人办理相关手续的委托书；

（5）代理人身份证复印件。

我国专利法及有关法规并未对专利合同备案的效力作出明确规定，备案的效果在于对抗专利权人或者独占实施许可人。也就是说，如果专利权人在对您许可后，又许可给其他人独占实施该专利，您可以在原有许可范围内继续使用而不受影响，否则可能被禁止实施。当然，那样的话你也可以向专利权人主张合同违约。

但是，为了保障专利权，建议必要时可以委托知识产权律师处理。

专利许可没有明确的收费标准，费用双方协商。对于收费，可以根据技术市场情况、技术投产后可获得的利润效益等进行参考。

专利许可应当办理的手续如下：

1、被许可方应当与许可方订立书面实施许可合同；

2、按照约定向许可人支付专利使用费；

3、专利权人与他人订立的专利实施许可合同，应当自合同生效之日起3个月内向国家知识产权局报批。