违纪员工处理一直是企业HR较为头痛的问题，如何处理违纪员工常常让人无处下手，违纪员工处理的细节处理、违纪员工的事实调查、证据固定、违纪处理的原则和依据、如何追索违纪员工的违约赔偿责任、如何解雇严重违纪员工、新劳动合同法下处理违纪员工的注意点等无一不是处理的关键点，一旦中间有处理不当就会导致两败俱伤，本来是员工违纪的，结果自己还得得不偿失。
总的来说，要处理违纪员工最好注意以下几点：1、尽量不要用辞退、开除、除名的字眼尽管形式可能一样，但实质有区别，避免激化矛盾；2、收集违纪事实依据，且能被仲裁认可的证据客观存在、与案件有关联、来源和形式要合法；3、处理违纪员工，用人单位负有举证责任；4、制定明确的规章制度，处理违纪员工适用条款要明确。
发现员工违纪后，公司可以扣工资进行处罚，但要按照劳动合同的约定赔偿经济损失。
并且，经济损失的赔偿可从员工本人的工资中扣除，不过，每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。如果扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，那么就要按照最低工资标准支付。
如果员工违纪情况严重，并且满足解除合同条件，那么公司可以单方解除劳动合同。
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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除名的条件如下：
1、职工经常旷工没有正当理由；
2、经批评教育无效；
在计算旷工天数时要注意：达到规定的连续旷工时间超过15天，是要把旷工期间的节假日，休息日的天数扣除后进行计算。
在累计旷工时间时要注意：1年以内累计旷工时间超过30天的计算，是应按自然年度进行计算。
用人单位因劳动者严重违反劳动纪律或用人单位规章制度，可以依据《劳动法》规定提出解除劳动合同，无须提前三十日通知。但须注意，用人单位因员工违纪而与员工解除劳动合同，用人单位负举证责任。
劳动争议中员工违纪的处理时限如下：
从证实职工犯错误之日起，开除处分不得超过五个月，其他处分不得超过三个月。
员工违纪的处理方式如下：
1、行政处分：警告、记过、记大过、降级、撤职、留用察看、开除；
2、辞退(解除劳动合同)：即时辞退(因严重违纪而辞退)、预告辞退；
3、除名：是只适用于劳动者无故连续旷工15天或一年内累计旷工30天而作的行政处理；
4、承担经济责任：扣工资不超过20%。
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