政府举办的县及县以上非营利性医疗机构以定项补助为主,由同级财政予以安排。补助项目包括医疗机构开办和发展建设支出、事业单位职工基本养老保险制度建立以前的离退休人员费用、临床重点学科研究、由于政策原因造成的基本医疗服务亏损补贴。
政府举办的社区卫生服务组织以定额补助为主,由同级财政予以安排,主要根据社区卫生服务组织承担的社区人口预防保健和最基本的医疗服务任务核定补助经费。