生态农业有利于食品安全与健康
有机农业是一种要求最为严格的生态农业种植方式。有机农业的关键原则和方法是在农业系统中鼓励和增强生物循环，以长期维持并提高土壤肥力，减少各类污染，避免使用化学合成肥料和农药，保持生产体系中的生物多样性，更广泛地考虑粮食生产和加工体系的社会和生态影响、生产高质量的充足的粮食。有机农业和食品加工方法涉及许多领域，力求在全社会建立发展有利于生态、经济和可持续性的粮食生产体系。
有机农业提供更安全的食物
有机农业是一种要求最为严格的生态农业种植方式。有机农业的关键原则和方法是在农业系统中鼓励和增强生物循环，以长期维持并提高土壤肥力，减少各类污染，避免使用化学合成肥料和农药，保持生产体系中的生物多样性，更广泛地考虑粮食生产和加工体系的社会和生态影响、生产高质量的充足的粮食。有机农业和食品加工方法涉及许多领域，力求在全社会建立发展有利于生态、经济和可持续性的粮食生产体系。
在过去的几年中，有机食品产业发展迅猛，主要原因是消费者对食品安全和食品营养的关注。很多研究表明，推动这种需求的因素在不同国家之间有所不同，但是“食品中的农药残留”(对自身健康的关注)是消费者倾向于选择有机食品的最重要影响因素。食品中毒和转基因等诸多问题也都引起了公众的高度关注。
考虑到食品安全的问题，目前看上去能够提供廉价而充足的粮食的化学农业体系，令公众越来越无法信服。
有机农产品农药残留更少
在有机农业中，几乎所有的农药都被禁止使用，因此很少会发生农药残留问题。与之相对应的非有机农业，农药残留事件频繁爆发，人们越来越关注多农药残留所致的“鸡尾酒效应”对人体的危害。而有机农业中允许使用的这几种化合物究竟是否安全，也引来一些关注，尽管这些常规化合物并无残留，但预计也将被予以禁止。
有机农产品中即使存在一些残留物，通常来说，它的影响范围和程度与非有机农业相比都非常低。通过文献综述，研究者审阅了35篇以上的文献和9100个样本后发现，有机蔬菜中的农药残留比典型非有机农业中的农药残留少得多。而被污染的有机产品样品更多是由于环境污染(如：来自临近区域空气或者水中的农药)所致。
在瑞典进行的一项研究中，有机种植的胡萝卜、卷心菜、西红柿和草莓中均未发现残留物，相比之下，在化学农业方法种植的蔬菜中，发现有17%的胡萝卜和50%的草莓含有残留物。[page]
在蔬菜生产过程中，因农药施用方式不同，各类蔬菜的农药使用量差异很大，通常来说，莴苣、芸苔、马铃薯和洋葱等作物通常采用集中喷洒。在这方面，发展中国家的农药使用量引起了社会广泛关注，这些国家由于人口众多，仍然依靠大量使用农药来提高产量，同时，对于一些已明确毒性的农药也尚未严令禁止。
在许多生鲜产品的样本中，研究者发现含有多种农药残留，这对食品安全构成了极大威胁。而且，在食品表面或内部含有的农药化合物所带来的“鸡尾酒效应”，导致这一问题更加严重，但却并未得到充分的重视。有关专家目前已经开始关注这一问题，“对于有毒物质之间的相互作用我们还知之甚少……如果是同一类型的农药残留(例如有机磷农药)，那么混合物的毒性至少是将所有化合物的毒性叠加在一起。”
美国研究人员将三种农药按安全剂量混合在一起后发现，混合物的毒性翻了数百倍!而这项研究仅进行了皮肤接触试验，并没有进行饮食接触，但已经可以清楚地证明多种农药之间可能存在的相互作用。其他研究人员对饮食接触进行了试验检测，发现农药混合物(例如：地下水中的杀虫剂、除草剂和硝酸盐浓度均低于法律允许范围)能够对生殖系统、免疫系统和神经系统造成影响，而所含有的任何一种农药却没有这些作用。
另一方面，一项研究中显示，多种化合物之间还能够相互抵触，从而减轻它们混合后的毒性。但目前的核心问题是，我们对此知之甚少，因此很难避免可能会造成错误的风险估计。
有机农产品硝酸盐含量更低
直到近期，人们意识到硝酸盐是日常饮食中一种十分有害的物质，能够导致胃癌和婴儿高铁血红蛋白症(蓝婴综合症)。亚硝酸盐能够与胺发生反应生成亚硝胺，这种物质能够诱发癌变和有机质突变，从而导致消化系统癌症和白血病。它的作用与年龄无关，无论对幼儿还是成年人都可造成伤害。
在研究中发现，施用化学合成肥料生产的蔬菜中含有高剂量的有害硝酸盐，而有机作物中的含量则相对较低。许多研究人员已经证实，使用大量化学合成氮肥的蔬菜作物，其硝酸盐含量远比使用堆肥或者其他有机肥料的蔬菜高得多。而有机种植蔬菜，即便施用了过量的混合农家肥，其硝酸盐浓度超标的危险也非常低。
许多研究对有机果蔬和非有机果蔬中的硝酸盐含量进行了对比测试，结果显示，至少在某些情况下，对于一些农民和一些作物，在使用有机肥料时其硝酸盐含量最低，即便使用可溶性更好的矿物肥料也无法与之相比。[page]
有机农业的一个问题是可能带来病原体(如大肠杆菌)污染的问题。但目前已有研究证明：高温(55℃以上)堆肥过程或者沼气池发酵可以有效杀死细菌和病原体;综合的农场管理方法也能有效降低病原体污染食品的风险。
