登记机关的行政行为如果被法院判决撤销,这在大部分情况下,说明被诉行政行为存在一定的违法性;但与此同时,并不意味着登记机关一定有责任。如当事人提供虚假的登记文件,有的法院会以登记机关核准登记的权利在实体上不能成立而对这一行政行为作出撤销的判决。法院是否撤销登记机关的行政行为,是按《行政诉讼法》的规定,而不是以登记机关是否有责任来判断。
关于诉讼费的承担,《行政诉讼法》第七十四条已规定,诉讼费用由败诉方承担。除了人民法院判决维持登记机关的行政行为、确认行政行为合法或是驳回原告的诉讼请求以外,其他的行政判决如撤销、变更或部分变更行政行为、确认行政行为无效或违法、判决履行法定职责等,都属于登记机关败诉,登记机关应当承担诉讼费用。