补充公积金采用和基本公积金一样的冲还贷方式。由于补充公积金账号和基本公积金账号存在关联,借款人在办理冲还贷手续时只要提供了基本公积金账号,计算机在扣款时就会根据关联规则自动从对应的补充公积金账户内进行扣款,扣款顺序先扣基本公积金账户,后扣补充公积金账户。