企业基本工资一千，晚到5次，3次一分钟以内(按一分钟算)，有一次晚到2秒，每一次100，一共扣了500，再加期内有一次培训费扣了250，最终一个月发来了250元，算克扣工资吗

《工资支付暂行规定》第16条规定，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。
但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
如果你的月工资2500元，公司对其经济处罚的最高额度不得超过500元(2500元×20%)，因此，若公司以迟到为由扣除超过工资20%的行为是违反相关法律规定的。
劳动者可以向当地劳动人事争议仲裁委员会申诉，要求公司退回超额的罚款。

无故克扣工资是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资(即在劳动者已提供正常劳动的前提下用人单位按劳动合同规定的标准应当支付给劳动者的全部劳动报酬)。　　无故克扣工资不包括以下减发工资的情况：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签订的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给劳动者工资不得低于当地的最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。　　有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：　　
(一)用人单位代扣代缴的个人所得税;　　
(二)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;　　
(三)法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;　　
(四)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。　　因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

被拖欠、克扣工资的四种救济方法。依据我国的有关规定，若用人单位拖欠、克扣工资，劳动者可通过如下方式维权：
1.劳动者可与用人单位协商
2.劳动者可向劳动行政部门投诉
向劳动行政部门投诉，实际上是向当地即用人单位所在地的劳动监察大队投诉。
劳动监察大队审查受理后，对双方进行行政调解。这个方法的好处是，从时间效率上来看，在一线发达城市，投诉后劳动监察部门会及时处理纠纷。
3.劳动者可提起劳动仲裁
劳动者向劳动仲裁委员会申请仲裁，首先要弄清楚当地的劳动仲裁委员会在哪里，然后进入劳动仲裁委员会后，填写三个表：
（1）申请书；
（2）证据材料清单；
（3）当事人送达地址确认书。
因此，申请之前一定要收集好证据，知道单位的正确地址。
4.劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令
劳动者被拖欠、克扣工资的，不能直接向人民法院提起诉讼，因为劳动争议诉讼的前提是先申请劳动仲裁，但是不能提起诉讼却可以直接向法院申请支付令。
《劳动合同法》第30条规定：用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
另外，在双方达成调解协议后，用人单位在协议约定期限内不履行的，劳动者也可以持着调解协议书向人民法院申请支付令。