公司这样做是合法的。

因劳动者原因造成用人单位经济损失的，用人单位每月只能扣除劳动者报酬的20%，扣除后不足所在地最低工资标准的，应当按照所在地最低工资标准发放。根据《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：　　
(一)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;　　
(二)拒不支付劳动者延长工作时间工资的;　　
(三)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。　　经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。　　第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。

用人单位是否可以扣发劳动者的工资，要视具体情况而定。　　我国劳动法第50条规定，用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。这一规定是对劳动者工资报酬权的法律保护。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由，扣减劳动者的应得工资。
用人单位克扣劳动者工资的行为，有两方面的标准，一是看劳动者是否提供了正常的劳动;二是看用人单位是否有正当的理由。如果劳动者按照劳动合同的约定，提供了无过错的正常劳动，而用人单位又不具有扣除工资的法定理由的，就属于克扣劳动者工资。
克扣劳动者工资的行为是违法行为，是对劳动者工资权的侵犯。

1、用人单位存在《劳动合同法》38条的情况，你书面提出解除劳动关系后可以立即走人不需要用人单位的批准，并可以要求支付剩余的工资及经济补偿金（每工作1年支付1个月工资）及办理离职手续等；

　　
2、依据《劳动合同法》37条，你提前30天提出的书面离职，不需要用人单位批准就可以离职。其中，试用期提前3天书面提出；用人单位有义务结清工资办理离职手续。

　　
3、没有提前30天提出离职，用人单位也不存在《劳动合同法》38条的情况，你直接提交辞职信就走人，这个时候就是你违法了，给用人单位造成的直接经济损失、招聘你产生的费用，用人单位可以要求你承担。